A hozzá közelebb állók szerint az olasz szakember munkáját tekintve rendkívül igényes, saját magán kívül a beosztottjaitól is elvárja, hogy a maximumot hozzák ki magukból. Svájcban született és nőtt fel. Mérnöki diplomát szerzett Lausanne-ban, majd rögtön ezután Olaszország felé vette az irányt, ahol tökéletesítette tudását. Nem sokkal később a Ferrarihoz igazolt és azóta is a vörösök sikeréért dolgozik.
1995-ben, mindössze huszonöt évesen kezdett a Scuderia tesztgárdájánál, a tesztelésekhez használt erőforrások egyik tervezőmérnöke lett. 2003-ig ezt a posztot töltötte be, majd a versenymotorokat tervező osztályra került. 2007-től vezetőmérnökké vált, két évvel később pedig a KERS fejlesztéséért felelt.
2013 októberétől a motor és elektronikai részleg igazgatóhelyettesi posztjára jelölték ki, a legnagyobb ugrás pedig közel három évvel később következett be, amikor a Scuderia technikai igazgatója lett.
Bár sokan (leginkább a másik érintett, az eddigi csapatfőnök, Maurizio Arrivabene) igyekeztek tagadni, hogy ellentét feszülne a svájci és az olasz szakember között, belső információk már jó ideje arról szóltak, hogy Arrivabene és Binotto képtelen együtt dolgozni és utóbbi választás elé is állította a Ferrari vezéreit: vagy ő, vagy Arrivabene.
Ugyan kora ősszel a korábbi csapatfőnök még szó szerint azt mondta, hogy kamuhír, miszerint a technikai igazgató és közte éles ellentétek húzódnának, mára valósággá vált az akkori találgatás. Mivel a legtöbb szakember Binottónak tulajdonítja a Ferrari-motor látványos megerősödését mind a teljesítmény, mind a megbízhatóság terén, így nyílt titok volt, hogy sok más istálló kopogtat a motorguru ajtaján (többek között a Mercedes), hogy adott esetben megszerezze.
Mivel többen egyébként is számos alkalommal kritizálták Arrivabene tevékenységét, vélhetően ez a két dolog együttesen okozta a vesztét. 2019. január hetedikétől hivatalosan is Mattia Binotto a Ferrari csapatfőnöke. Hogy ez negatív, vagy pozitív hatással lesz-e a Scuderia idei szezonjára, csak később tudjuk meg.