Miután 1968 végén a Honda Jo Schlesser halálát követően kivonult a Formula-1-ből, a japánok 15 évig távolmaradtak a sportágtól, majd 1983-ban motorszállítóként tértek vissza a királykategóriába az F2-ből velük együtt előrelépő Spirit partnereként. A kiscsapat autója teljesen alkalmatlan volt arra, hogy az élmezőnyben harcoljon, a Honda pedig lépett, és az előző évben Keke Rosberggel világbajnoki címet szerző Williamsszel kötött szerződést: Rosberg és Laffite autójába már az 1983-as szezonzárón beszerelték a hathengeres turbót.
Az együttműködés sikeresnek bizonyult. Bár az első évben még csak egy futamgyőzelem jutott a Williamsnek, a következő szezonban már harmadikak lettek a konstruktőrök közt egy remek hajrával: a szezon utolsó három versenyén győztek, a maximális 45-ből 37 pontot szerezve. 1986-ban és a rákövetkező évben már világbajnoki címet nyert a Williams-Honda, ráadásul utóbbi szezonban az egyéni bajnokság is az övék lett Nelson Piquet-nek köszönhetően – egy esztendővel korábban a brazil és Mansell házon belüli csatájából nevető harmadikként a mclarenes Prost jött ki a legjobban.
1987-ben a Honda már nemcsak a Williamst, hanem a Lotust is ellátta erőforrásokkal. Itt kerültek kapcsolatba generációja alighanem legnagyobb tehetségével, egy bizonyos Ayrton Sennával, aki abban az évben két futamot nyert, és a bajnokság harmadik helyét szerezte meg a Lotus-Hondával. A pilóta és a motorszállító a következő évet is együtt kezdték meg, csakhogy már nem a Lotusnál, hanem a McLarennél, akik átcsábították a japánokat a nagy rivális Williamstől. Senna a csapat elsőszámú versenyzője, a kétszeres Alain Prost mellé érkezett, s bár a McLaren-Honda ezzel a párossal a szezon abszolút esélyesének tűnt, arra, ami 1988-ban történt, mégsem számíthattak túl sokan.
A riválisok sehol nem voltak a McLarenhez képest, a Williams teljesen eltűnt a Judd-motornak „köszönhetően” – végül csak a hetedik helyen zártak, még az Arrowstól és a Marchtól is kikapott a címvédő csapat. A Ferrari volt az egyetlen csapat, mely úgy-ahogy tartotta magát, de a McLaren-Hondával szemben nekik sem volt esélyük. Minden idők egyik legjobb F1-es konstrukcióját, az MP4/4-et mindössze egyszer sikerült tiszta körülmények közt versenyben legyőzni, amikor Senna Spanyolországban negyedik lett (Prost akkor is győzött), és csak egyetlen futamot nem nyertek meg: Monzában Prost műszaki hiba miatt kiesett, míg Senna a karrierje egyetlen F1-es futamán induló Jean-Louis Schlesserrel ütközött néhány körrel a leintés előtt.
A világbajnoki cím Sennáé lett egy elképesztő szezon végén. A McLaren-Honda a maximálisan megszerezhető 240 konstruktőri pontból 199-et gyűjtött be, fölényüket mi sem mutatja jobban, mint hogy az összes többi istálló pontosan kettővel szerzett többet náluk – persze összeadva. Az egyéni világbajnokságot a csapatnál első évét töltő Senna suzukai győzelmével biztosította be – igaz, Prost több egységet gyűjtött nála, ám az aktuális szabályok értelmében csak a szezon legjobb 11 eredménye számított az összetettbe.
A 16-ból 15 győzelmet a következő évben ugyan nem sikerült megismételni (ahogy ezt az arányt azóta sem senkinek), de a McLaren-Honda így is hihetetlen fölénnyel védte meg világbajnoki címét, és természetesen a Prost-Senna kettős is magasan a mezőny fölé nőtt. Ezúttal a franciának jött ki jobban a lépés, végig vezetett a szezonban, de a bajnoki cím bebiztosításához Senna suzukai kizárására is szükség volt. A Ferrarihoz távozását már hosszú hetekkel korábban bejelentő Prost ütközött az előzni készülő Sennával, és kiesett, a brazilt viszont diszkvalifikálták a sikán levágása miatt. Az esetről itt írtunk korábban részletesen.
Prost távozását követően immár egyértelműen Senna volt a csapat elsőszámú versenyzője, mellé a Ferraritól Gerhard Berger érkezett, aki a mezőny legjobb pilótái közé tartozott, de az a veszély nem fenyegetett, hogy felborítja az istállón belüli egyensúlyt. Nem is történt így, a szimpatikus osztrák, aki az együtt töltött idő során Senna egyik legjobb barátjává vált (sőt másfél évtizeddel a brazil halála után unokaöccse, Bruno mentora lett), nem tudta felvenni a versenyt csapattársával, pontjaira viszont nagy szükség volt a konstruktőri cím megszerzéséhez – a McLaren-Honda zsinórban harmadszor nyert, a japánok sorozatban ötödször voltak az aktuális bajnokcsapat partnere.
A szezont ismét egy vitatható suzukai ütközés döntötte el, ezúttal Senna javára – a brazil azt követően, hogy pole-ja ellenére a poros oldalról kellett indulnia, az első kanyarban összetalálkozott Prosttal, a kettős kiesés pedig bebiztosította győzelmét. A következő esztendő jóval simábban alakult, Senna ismét Suzukában lett bajnok, ahol még az is belefért a számára, hogy a győzelmet az őt immár két éve kitartóan segítő Bergernek ajándékozza. Két héttel később, az F1 történetének legrövidebb versenyén aztán a konstruktőri cím is a McLaren-Hondáé lett, immáron egymás után negyedik alkalommal.
Ekkor talán senki sem hitte volna, hogy Senna egy év múlva a bajnoki dobogót sem éri el, a Honda pedig már nem is lesz a királykategóriában. A McLaren és a japán motorgyártó együttműködése 1992-ben ért véget egy meglehetősen dicstelenre sikeredett utolsó év után: bár Senna háromszor is győzni tudott, a bajnokságot fölényesen nyerő Nigel Mansell mellett annak csapattársa, Riccardo Patrese és a Benetton ifjú német tehetsége, Michael Schumacher is megelőzte őt az összetettben annak ellenére, hogy utóbbiak csak egyszer-egyszer ünnepelhettek a dobogó tetején.
A búcsú legalább szépre sikeredett a Honda számára, hiszen Gerhard Berger megnyerte a hosszú éveken át verhetetlen páros utolsó versenyét Ausztráliában – Senna szezonja viszont csalódást keltő véget ért, hiszen a világbajnok Mansell-lel ütközött, s mindketten kiestek. Ekkor találkoztak utoljára a pályán ellenfélként, hiszen a brit oroszlán 1993-ban „átugrott” az IndyCarba, ahol szintén bajnok lett, s legközelebb csak akkor indult F1-es futamon, épp Senna autójával, amikor a brazil már halott volt.
A Honda ezzel második F1-es kalandját is befejezte – bár a Mugennek köszönhetően a név nem tűnt el a királykategóriából egészen 2000-ig, amikor a BAR partnereként visszatértek a sportágba, majd 2006 és 2008 közt gyári csapatként működtették a brackley-i istállót, mely, mint tudjuk, a japánok kiszállása után Brawn GP-ként azonnal bajnok lett. Egy évtizednél tovább azonban sem a 60-as, sem a 80-90-es, sem a 2000-es években nem maradtak.
