Már a felvezető kör sem kezdődött simán, a 10. rajthelyet elfoglaló Felipe Massa Williamse ugyanis a rajtrácson ragadt, és miután szerelői visszatolták a bokszutcába, csak onnan eredhetett a mezőny után.
A rajtnál Hamilton ezúttal jól jött el és megőrizte a vezetést, míg csapattársa beragadt egy kicsit, de második helye így sem forgott veszélyben - de csak addig, amíg az élmezőny meg nem érkezett az 1-es kanyarba. Mögöttük Max Verstappen és Sebastian Vettel bonyolódott azonnal csatába, és a célegyenes végén a Ferrari szorult a belső ívre. A páros talán be is tudott volna fordulni koccanás nélkül, ám előttük Nico Rosberg jóval szélesebb íven kezdte meg a kanyart, így Vettel nem tudta elkerülni a vele való találkozást. Az ütközés következtében a Ferrari kitört bal első felfüggesztéssel kiesett a versenyből, Rosberg megpördült és a mezőny végére esett vissza, míg Verstappen keresztül tudott manőverezni a történteken, és a virtuális biztonsági autó kiállása után nem sokkal már a harmadik helyen üldözte Hamiltont és Daniel Ricciardót.
A bajnokság szempontjából fontos momentum volt a tabellát ekkor nyolc ponttal vezető Rosberg visszaesése, akinek a teljes mezőnyön át kellett verekednie magát - kezdetben, a lassabb autók ellen ez még könnyen ment, de az első tízesbe érkezve már lassabban tudott felkapaszkodni.
Az élen a Red Bull úgy próbálta kizökkenteni Mercedest, hogy két autóját eltérő taktikára állította: Verstappen már a 9. körben a bokszba hajtott újabb szett lágy keverékért, és azokon elég gyors tudott lenni ahhoz, hogy Hamilton csak mögé térhessen vissza saját kiállását követően. Ricciardóval eközben próbálták utánozni a Mercedes taktikáját, és csak a 20. kör környékén álltak ki először. Persze Verstappenre hamarosan egy újabb kerékcsere várt, arra játszva, hogy a verseny végén még képesek lesznek felkapaszkodni a kemény keverékeken haladó Hamiltonra, de amikor a britnek is sikerült egy bokszkiállásnyi előnyre szert tennie, a Mercedesnél felmerült annak esélye, hogy biztosra játszva ők is ismét kereket cserélnek.
A taktikai számolgatás mellett csaták is zajlottak a pályán, Verstappen például egy kanyarokon át tartó csatát zavart le lassabb gumikon haladó csapattársa ellen, de az ausztrálnak sikerült elöl maradnia. Eközben Rosberg már az 5. helyig felkapaszkodott, és az előtte álló Kimi Raikkönent próbálta elkapni, ami csak úgy sikerült neki a 2-es kanyar belső ívére vágódva, hogy nekikoccant a Ferrarinak. És bár az autók nem sérültek, a versenybírók mégsem voltak elégedettek a manőverrel, így 10 másodperces időbüntetést róttak ki a németre, akinek így szaporáznia kellett lépteit Raikkönen előtt.
Pillanatokkal ezeket a csatákat követően azonban napjainkban szokatlan dráma történt az élen. A győzelmet már-már zsebben érző Hamilton autójának hátuljából a 40. körben lángok csaptak ki, a brit pedig a rádión egy hatalmas „ó, ne!” kiáltás kíséretében húzódott le a pálya szélére, és adta fel a versenyt az élről, újabb csavart hozva ezzel a bajnoki csatába.
Ricciardo és Verstappen hirtelen a győzelemért folyó csatában találták magukat, a Red Bull pedig előnyök ismeretében mindkettőjüket kihívta egy utolsó kerékcserére, hogy egyenlő esélyekkel vágjanak neki az utolsó 15 körnek. Nem volt kizárható, hogy a fiatal holland még csatába bonyolódik csapattársával, de nem tudott egy másodpercnél közelebb kerülni, így végül Daniel Ricciardo megszerezhette szezonbeli első, összességében negyedik futamgyőzelmét, s két év után először állhatott a dobogó tetejére.
Rosberg végül elegendő előnyt szedett össze Raikkönennel szemben, így a dobogó alsó fokán végzett, előnyét pedig 23 pontra növelte Hamiltonnal szemben. Raikkönen mögött Bottas, Perez, a mezőny végéről felzárkózó Alonso, Hülkenberg, Button és az először pontot szerző Palmer követte.
A Mercedes megszerezhette volna a konstruktőri bajnoki címet ezen a hétvégén, de mivel a Red Bull végül több mint nyolc ponttal eredményesebb volt náluk, a bajnokavatás még várat magára.
A Malajziai Nagydíj végeredménye:
# | Versenyző | Csapat | Idő | Kör |
1 | Daniel Ricciardo | Red Bull-Renault | 1:37:12.776 | 56 |
2 | Max Verstappen | Red Bull-Renault | 2.443 | 56 |
3 | Nico Rosberg | Mercedes | 25.516 | 56 |
4 | Kimi Raikkonen | Ferrari | 28.785 | 56 |
5 | Valtteri Bottas | Williams-Mercedes | 1:01.582 | 56 |
6 | Sergio Perez | Force India-Mercedes | 1:03.794 | 56 |
7 | Fernando Alonso | McLaren-Honda | 1:05.205 | 56 |
8 | Nico Hulkenberg | Force India-Mercedes | 1:14.062 | 56 |
9 | Jenson Button | McLaren-Honda | 1:21.816 | 56 |
10 | Jolyon Palmer | Renault | 1:35.466 | 56 |
11 | Carlos Sainz | Toro Rosso-Ferrari | 1:38.878 | 56 |
12 | Marcus Ericsson | Sauber-Ferrari | +1 kör | 55 |
13 | Felipe Massa | Williams-Mercedes | +1 kör | 55 |
14 | Daniil Kvyat | Toro Rosso-Ferrari | +1 kör | 55 |
15 | Pascal Wehrlein | Manor-Mercedes | +1 kör | 55 |
16 | Esteban Ocon | Manor-Mercedes | +1 kör | 55 |
- | Felipe Nasr | Sauber-Ferrari | 46 | |
- | Lewis Hamilton | Mercedes | 40 | |
- | Esteban Gutierrez | Haas-Ferrari | 39 | |
- | Kevin Magnussen | Renault | 17 | |
- | Romain Grosjean | Haas-Ferrari | 7 | |
- | Sebastian Vettel | Ferrari | 0 |