„Szeretném megköszönni minden csapatnak, hogy jóváhagyták a kései jelentkezésünket, és biztosítani őket arról, hogy a Super Aguri mindenben együtt fog működni velük” – nyilatkozta 2005. december 22-én Aguri Suzuki, miután az F1-es csapatok egyhangú szavazással jóváhagyták nevezésüket a következő idényre.
A 2006-os évben aztán sok vizet nem zavart a csapat, leszámítva azt a hatalmas balesetet, amit Yuji Ide okozott San Marinóban. Az általános megdöbbenésre, minimális Japánon kívüli tapasztalata ellenére szerződtetett 31 esztendős újonc a rajt után Christijan Alberst borította fel, s ez a megmozdulás jelentette számára a végállomást: a korábban is lassú, bizonytalan, s nem egy problémát okozó versenyzőt a Super Aguri az FIA nyomására visszaminősítette tesztpilótává, napokkal később pedig szuperlicenszét is bevonták.
A négy évvel korábbi, újonnan sem túl acélos Arrowsra épülő SA05-ösből Ide utódja, Franck Montagny és az addigi legsikeresebb japán F1-es, Takuma Sato sem tudtak sokat kihozni, ahogy utódjából, a még mindig 2002-ben gyökerező SA06-ból sem. Montagnyt később lecserélték Sakon Yamamotóra, így ismét a Super Aguri „büszkélkedhetett” a mezőny leggyengébb pilótájával, de a lassú technikai fejlődés némi eredményt azért hozott. A csapat felnőtt a szintén fájdalmasan lassú Midland szintjére, a szezonzárón viszont végre valós eredményt is fel tudott mutatni az istálló: Takuma Sato tizedikként zárt a 16 célba érőből, Yamamoto pedig a verseny 7. leggyorsabb körét tudta felmutatni.
A felkészülés a következő idény előtt sem volt egyszerű, hiszen a riválisok megtámadták azt a döntést, hogy a Super Aguri a Honda 2006-os karosszériáját használja majd, ráadásul egy sikertelen törésteszt miatt csak az idénynyitó hetének szerdájára készült el az SA07. Annál nagyobb meglepetést okozott, amikor Sato a Q3-ba repítette az autót, s a 11. helyen záró Davidson is megverte mindkét gyári Hondát az első időmérőn.
A Super Aguri, az előző szezon leggyengébb csapata egészen az utolsó előtti hétvégéig a nagy testvér és a Toro Rosso előtt volt az összetettben, a Hondát csak a kínai esőkáosz és Jenson Button mentette meg attól a szégyentől, hogy kikapjanak a fiókcsapattól – ahogy az egy évvel később a Red Bull-lal meg is történt. Az Aguri számára a Barcelonában nyolcadik, Montrealban pedig hatodik helyen záró, s utóbbi helyen azóta is emlékezetes módon Fernando Alonsót is megelőző Sato szállította a pontokat, de Kanadában Davidson is remekelt, sőt akár a dobogó közelébe is kerülhetett volna, csakhogy egy mormota elgázolása miatt visszaesett.
Hiába volt egyértelmű az előrelépés, sötét felhők gyülekeztek a csapat felett. A Honda jelentősen csökkentette támogatását, a várt befektető nem érkezett meg, a szponzor nem fizette ki az ígért összeget, így a 2008-as szezon ötödik futama, a Török Nagydíj előtt megtagadták a csapat kamionjai számára a behajtást a pályára, miután a hírek szerint a Honda csapatának vezérigazgatója, Nick Fry közölte a szervezőkkel, hogy a Super Aguri nem vesz részt a hétvégén.
Aguri Suzuki ekkor bejelentette, hogy a csapat visszalép a bajnokságtól, s másnap hivatalosan is csődeljárás alá került a Super Aguri. Az istálló maradványait Franz Hilmer vásárolta meg, aki a Brabham nevet birtokolva próbált benevezni a 2010-es szezonra, de végül nem járt sikerrel…
