Két győzelem és egy második hely csapattársa mögött – Fernando Alonso szinte tökéletes teljesítménnyel érkezett meg a 2006-os szezon negyedik versenyére, miközben a szezon során fő riválissá avanzsáló Michael Schumacher mindössze 11 pontot tudott összeszorgoskodni, többek közt ausztráliai balesete miatt.
San Marinót nagy várakozás előzte meg, hiszen a két pilóta egy évvel korábban óriási csatát vívott Imolában, Schumachernek pedig nagy szüksége volt a jó eredményre, hogy csökkentse lemaradását. A német meg is szerezte a pole-t a tifosi előtt, aminek már csak azért is nagy jelentősége volt, mert ezzel megdöntötte a legendás Ayrton Senna rekordját, s ezen az örökranglistán is az élre állt. A bajnokság szempontjából ennél jóval fontosabb volt persze az, hogy Alonsót a másik Ferrarival Massa és mindkét Honda is megelőzte a kvalifikáción, így a spanyol nehéz helyzetből várhatta a rajtot.
Az indulásnál mindenki az élmezőnyre figyelt természetesen, pedig a leglátványosabb esemény a mezőny végén zajlott: az időmérőn még csapattársától is bő másfél másodpercet kapó Yuji Ide ugyanis megtorpedózta Christijan Albers Midlandjét, mely a feje tetején állt meg a kavicságyban. A holland szerencsére sértetlenül szállt ki az autóból, a japánnak viszont ez volt az utolsó megmozdulása a Formula-1-ben, hiszen rövidesen bevonták a szuperlicenszét, hiszen több rossz fát tett a tűzre négy hétvége alatt, mint mások négy szezon során.
A verseny persze elsősorban nem ezzel írta be magát a sportág történetébe, hanem Fernando Alonso és Michael Schumacher csatájával: miután áthámozta magát a köztük lévő akadályokon, a spanyol pillanatok alatt felzárkózott a hétszeres világbajnokra, s támadást indított ellene. Rohamai azonban éppúgy sikertelenek voltak, mint egy évvel korábban fordított felállásban, így végül Schumacher ünnepelhetett győzelmet. Az alábbiakban két videó látható a csatáról – magyar kommentárral:
Schumacher a győzelem ellenére még mindig tetemes, 15 pontos hátránnyal állt Alonsóhoz képest, s miután a következő, nürburgringi sikerére négy sorozatos győzelemmel válaszolt, Kanada után már 25 pont volt a lemaradás. Schumacher azonban meg tudott újulni, a következő hét versenyből ötöt ő nyert, így a bajnokság csak az utolsóelőtti, japán futamon dőlt el – egy drámai motorhibával...
