A Honda annyira komolyan vette azt, hogy szeretne újra a csúcsra kerülni a száguldó cirkuszban, hogy bő tizenkét éve ilyenkor egy B csapatot is útjára indított. Akkor még nem volt előre látható a 2008-as gazdasági válság, ami később megpecsételte az előző évben igazán kiváló fejlődést produkáló istálló sorsát.
Az eredetileg megjelölt határidőre nem sikerült a megfelelő költségvetést összerakni a gárdának, ami 48 millió dollár volt akkoriban. Ezért elsőre a Super Aguri jelentkezését elutasították, december végére azonban sikerült összeszedni a pénzt. A jelenlevő istállók egyhangú beleegyezése kellett az induláshoz, ezt végül meg is kapták nagyjából egy hónap múlva.
Az istálló a csapatfőnök, Aguri Suzukiról kapta nevét, de érthető okokból a Honda (egyáltalán nem hivatalos) fiókcsapataként, inkább a korábbi Formula-1-es versenyző keresztnevét használták. Az Arrows alapjaira épülő, szinte sebtében összerakott versenyautó egyáltalán nem volt versenyképes, pontot nem szerzett, többnyire a vert mezőnyben végzett. 2006-os, leghíresebb dobásuk Yuji Ide san marinói akciója volt, amikor is Christian Albers Midlandjét a levegőbe repítette.
Nagy volt a jövés-menés pilótafronton Takuma Sato mellett. A megbízhatatlan és lassú Idét lecserélte az istálló Anthony Davidson került a helyére, majd Sakon Yamamoto (egy újabb, meglehetősen középszerű versenyző) is szerephez jutott az év végén. 2007-re azonban megváltozott a helyzet, a Super Aguri hatalmasat lépett előre. Takuma Sato kétszer is pontot szerzett (Spanyolországban és Kanadában), Montrealban mindenki elképedésére a hajrában még a világbajnoki esélyes Fernando Alonsót is megelőzte. Év végén a Spykert könnyedén verték, a McLarent pedig az emlékezetes kémbotrány miatt kizárták a konstruktőri pontversenyből.
Sajnos, sosem tudhatjuk meg, mire ment volna az Aguri, mivel a következő idény előtt nagyon súlyos pénzügyi gondok léptek fel. A csapat már csak árnyéka volt önmagának, négy verseny után pedig a csapok (a támogatók nem tartották be korábbi ígéreteiket, ráadásul a gazdasági válság miatt a Honda is jelentősen csökkentette a financiális segítséget) teljesen elzáródtak, a Super Aguri pedig dicstelen véget érve kénytelen volt visszalépni. A „nagy” Honda az évad végén ugyanígy tett.
Az istálló maradványait felvásárló Franz Hilmer, német üzletember tett egy kísérletet 2010-ben, hogy Brabham néven újraindítsa a csapatot, ám terve kudarcba fulladt.
