Vasárnap 17:15-kor vette kezdetét a monzai második futam, amelyet Darryl O"™Young kezdhetett meg a pole-ból, miután a szabály értelmében a második versenyen a Q2 első tíz helyezettje fordított sorrendben sorakozik fel a rajtrácsra. Basseng indult a második, Nykjaer a harmadik kockából, majd jött Nash, Tarquini, Oriola, MacDowall, Chilton, Muller és Monje. D"™Aste a két futam közötti időszakban kérte a parc fermé szabály felfüggesztését, emiatt viszont csak leghátulról vághatott neki a tízkörös viadalnak, így Michelisz Norbert a 18. pozíciót foglalta el az induláskor, míg Huff a bokszutca zárása előtt ki se tudott jönni a pályára a jobb első féltengely cseréje miatt, így ő csak onnan rajtolhatott el, akárcsak Boardman, akinek az első futamon kitört a felfüggesztése és emiatt kellett hosszabban szerelni az autóját. Az időjárás továbbra sem volt kegyes a mezőnyhöz: akárcsak egész nap, a második kezdetekor is esett az eső, így nedves pályán vághattak neki a körözésnek.
A rajtot Gabriele Tarquini kapta el a legjobban, az első kanyarhoz már O"™Young mögött a második helyen érkezett meg, de a sikán utáni részen az olasz már meg is előzte a hongkongit, akit az Ascari-sikánnál Basseng is lehagyott, majd a Parabolica előtt Nykjaer, nem sokkal később pedig a kilencedik helyről induló, az első futamot megnyerő Muller is. Nash, Oriola, Chilton, Engstler és MacDowall állt még pontszerző helyen, Michelisz pedig három helyet javítva tizenötödikként haladt.
A csúszós aszfalton nagyon sok volt a hiba, a harmadik forduló elején négyen-öten is kiegyenesítették az első sikánt. Közben pedig érkezett a hír: Michelisz Norbertnek ki kellett állnia a bokszba, elvileg a szélvédő bepárásodása miatt. Azonban a versenyt folytatni tudta, de csak a 21. helyre tudott visszajönni a Hondával. A gyári alakulat azonban jól állt: Tarquini megnyugtató előnnyel vezetett Muller előtt, aki időközben megelőzte Bassenget. Ez az előny azonban egy kör alatt el is olvadt és Muller simán megelőzte, így újfent az RML franciája vezetett. A Chevrolet tehát még egyértelműen erősebb volt, hiszen a háromszoros világbajnok folyamatosan szakította le 2009 vb-győztesét, miközben a harmadik helyért Basseng és Nykjaer között bontakozott ki csata. A harc a hatodik forduló elején dőlt el: a német sokakhoz hasonlóan elvétette az első féktávot, így utóbbi haladt az utolsó dobogót érő helyen.
Közben Bennani áthajtásos büntetést kapott pályaelhagyás miatt, és Nasht, valamint Oriolát is figyelmeztették ugyanezen ok miatt. Közben a nyolcadik közben Muller mögött Tarquini és Nykjaer harcolt a második helyért, amelyből utóbbi jött ki győztesen. Utánuk jött Basseng, Nash, Chilton, Oriola, Monteiro a legjobb nyolcban. A leghátulról induló d"™Aste már kilencedik, a bokszból rajtoló címvédő Huff pedig már az egy pontot érő tizedik pozícióban haladt. Micheliszt ekkor az utolsó, 22. helyen jelezte a gép, az élmenőktől kört is kapott már, ugyanakkor sikerült néhány jó szektort futnia a Hondával. Tarquinit közben erősen szorongatta a harmadik helyért a tavalyi GT1-es világbajnok Basseng.
A csata az utolsó méterekig tartott, de végül Tarquini behozta az autóját Basseng előtt, így a Honda megszerezte idei első dobogós helyezését. Előtte már nem változott a sorrend: Yvan Muller 2012-hez hasonlóan ismét mindkét futamot megnyerte, a második pozícióba pedig Nykjaer érkezett be. Chilton lett az ötödik, majd jött Oriola, Nash, Monteiro, D"™Aste és Huff még az első tízben, míg Michelisz Norbert a 22. helyen zárt.
