A döntő pillanatot a szombat délelőtti szabadedzés jelentette. Jos Verstappen Tyrrellje a Spoon kanyar kijáratánál megállt, a mögötte érkező Jacques Villeneuve pedig elszáguldott mellette, majd megfutotta leggyorsabb körét az edzésen. Villeneuve 9 egységgel Michael Schumacher előtt érkezett Suzukába, ami azt jelentette, hogy ha pontszerzőként a német előtt végez, már a szezon vége előtt bebiztosítja a világbajnoki címet.
Ez a lehetőség vált semmissé, mikor a Spoonból kifelé jövet gázt adott, megszegve a szabályokat, amelyek a sárga zászlónál lassításra utasítanak. Önmagában nem lett volna hatalmas kihágás – kilenc versenyző, köztük Schumacher tett ugyanígy –, Villeneuve-nek azonban már volt vaj a fején: a versenyző ugyanis egyfutamos eltiltást kapott nyolc nagydíjra felfüggesztve, mivel többször figyelmen kívül hagyta a sárga jelzést. Bár a Williams pilótája megszerezte a pole-pozíciót az elmúlt versenyekhez képest meglepően gyors Ferrarik előtt – Schumacher mindössze hat ezred lemaradással lett második, Eddie Irvine harmadik –, mindenkit az foglalkoztatott, mi lesz a délelőtti eset következménye.
Alkonyodott Japánban, mikor az illetékesek döntést hoztak: Villeneuve-öt eltiltják a vasárnapi futamról. A csapat úgy döntött, fellebbez az ítélet ellen, és inkább utólag veszti el a versenyen megszerzett pontokat, semmint egyáltalán nem áll rajthoz.
Villeneuve tehát elfoglalta az első rajtkockát az október 12-i versenyen, tudván, hogy a hétvége előtt átgondolt forgatókönyvek mind semmissé válnak, és ha megnyerné a nagydíjat, akkor sem ünnepelhetne bajnoki címet. A rajt után hamar nyilvánvalóvá vált, milyen taktikára váltott Villeneuve, aki már a lámpák kialvásának pillanatában keresztben indult el, akadályozva Schumachert. „Úgy vezetett, hogy megnehezítse a dolgom, mások pedig meg tudjanak előzni” – mondta utólag a német pilóta. Mivel az általa elért bármiféle eredmény kétséges volt, Villeneuve inkább arra törekedett, hogy Schumacher minél kevesebb pontot szerezzen.
A második körben Eddie Irvine briliánsnak tűnő előzéssel ment el Hakkinen és Schumacher mellett – mint kiderült, előre megbeszélt manőverről volt szó, a Ferrari előőrsként második számú pilótáját küldte Villeneuve ellen. Nem sokkal később változott is az éllovas személye. Hogy mennyire lassan ment a kanadai, mutatja, hogy három körrel később Irvine már 12 másodperc előnnyel vezetett. Ő hajtotta végre először kiállását, majd következett Schumacher és Villeneuve – bár a kanadai igyekezett a bokszutca-kijáratnál megőrizni pozícióját, nem sikerült megtartania. Innentől nem is látta Schumachert.
„A telefonhívásra vártam” – mondta utólag Irvine, aki ezen a ponton még vezette a versenyt, de már az elejétől tudta, hogy nem nyerheti meg azt. A hívás hamarosan jött, a 23. körben pedig elengedte Schumachert, majd megvárta Villeneuve-öt, és ahogy a williamses tette a verseny elején a másik Ferrarival, feltartotta őt.
A Ferrari terve azonban épp visszájára sült el. Michael Schumacher takaros előnyre tett szert, de Jean Todték arra nem számítottak, hogy a tovább kint maradó másik Williams, Heinz-Harald Frentzen átugorja őket, ezzel pedig végső soron a grove-i csapat Villeneuve eredményétől függetlenül megnyeri a konstruktőri bajnoki címet. Schumacher régi ellenfele, Damon Hill alaposan megkeserítette a német dolgát, mikor a végén az Arrowst igyekezett lekörözni, de a győzelmet így is megszerezte 100. futamán 1,3 másodperccel Frentzen előtt. Irvine egészítette ki a dobogót, a negyedik pedig Hakkinen lett: Villeneuve sok időt veszített tankolásánál, utolsó etapja pedig különösen látványtalanra sikeredett, így csak ötödikként ért célba.
A helyezések alapján Jacques Villeneuve előnye egyetlen pontra csökkent a bajnokságban. Jerezbe azonban mégis Michael Schumacher érkezett a pontocska vezetéssel neve mellett. Az FIA feljebbviteli bírósága nem fogadta el a Williams fellebbezését, Villeneuve-öt pedig diszkvalifikálták a japán eredményekből. Ahelyett, hogy már Suzukában bajnok lett volna, a döntés a legutolsó versenyre maradt.
