Azok után, hogy 1996-ban még meglepetésgyőzelmet arattak a Monacói Nagydíjon Olivier Panis, a Ligier név bő két évtized után a szezon végén eltűnt a Formula-1-ből. Az istálló ugyanakkor nem szűnt meg, csupán tulajdonost és nevet váltott: a csapatot a négyszeres világbajnok, akkor már visszavonult Alain Prost vette meg, s azonnal a saját nevére is vette. Ráadásul miután nem volt elég idő az 1997-es idény előtt, a Loic Bigois által tervezett Ligier JS45-tel – amelyet szintén átkereszteltek Prost JS45-re – álltak rajthoz, s a motorpartner is maradt a Mugen-Honda.
Mindemellett Panist is megtartották egyik pilótaként, míg a francia mellett Shinji Nakano szerepelt csapattársként. Nem meglepő, hogy az eredményeket elsősorban előbbi szállította, az viszont már annál inkább, hogy milyen erős teljesítményt tett le az asztalra: a melbourne-i nyitányon ötödik helyen látta meg a kockás zászlót, míg Brazíliában fel is állhatott a dobogóra a francia versenyző, mindössze az alakulat második F1-es viadalán!
Panis aztán Monacóban negyedik, Spanyolországban pedig a második helyen végzett, Kanadában azonban csúnya balesetet szenvedett, amely során mindkét lábát eltörte. Prost az akkor még újonc Jarno Trullival helyettesítette honfitársát, aki ugyan összességében elmaradt Panistól, ám így is voltak villanásai: Ausztriában például a motor meghibásodásáig a versenyt is vezette, míg Németországban negyedik lett. Panis aztán a Luxemburgi Nagydíjon rögtön pontszerzéssel tért vissza, a Prost Grand Prix pedig végül az előkelő hatodik pozícióban zárta a konstruktőri értékelést – nem véletlen, hogy az 1997-es világbajnok később úgy nyilatkozott: eleinte valós fenyegetésként tekintett a francia pilótára.
Mint később kiderült, messze ez volt a Prost GP legjobb szezonja a Formula-1-ben. 1998-ban már a korábban bejelentett Peugeot-motorokkal próbáltak szerencsét a Panis, Trulli duó, ám mindössze egyetlen vb-egységet sikerült begyűjteniük az olasz révén. 1999-ben aztán valamelyest sikerült javítaniuk, többször is a pontszerzők között értek célba, sőt az elképesztően kaotikus nürburgringi viadalon Trulli a parádés második helyen hozta be az autót.
Az új évezred beköszöntével azonban végleg megindult a lejtőn a nagyreményű istálló. Hiába igazolták le Prost korábbi ferraris csapattársát, Jean Alesit, valamint a Formula-3000 bajnokát, Nick Heidfeldet, a csapat egyetlen pontot sem tudott begyűjteni az évad során, így utolsó helyen végeztek a konstruktőri tabellán. Heidfeldet ráadásul ki is zárták az Európai Nagydíjról, mert túl könnyű volt az autója, a mélypont azonban minden kétséget kizáróan az Osztrák Nagydíj volt, ahol a két csapattárs összeütközött, így mindketten kiestek.
2001-re a Peugeot is elhagyta a csapatot, helyette Acer név alatt egyéves Ferrari-erőforrásokkal próbálkoztak. A problémákat jól jelezte, hogy összesen öt pilóta indult a színeikben: Alesi az év közben hagyta el őket a Jordan kedvéért, a helyére így Heinz-Harald Frentzen érkezett, míg a másik autót eleinte Gaston Mazzacane, majd az emlékezetes hockenheimi repülést bemutató Luciano Burti, végül Tomas Enge vezette. A gárda összesen négy pontot szerzett – mindet Alesi révén –, ám ez már csak a csapat hattyúdala volt: a folyamatos anyagi nehézségek után 2002. január 28-án hivatalosan is eldőlt, hogy csődbe ment a csapat, így a Prost Grand Prix mindössze öt esztendő után eltűnt a Formula-1 mezőnyéből.
