Perez kicsúszása volt a legdrámaibb: a mexikói pilóta a Spoon kanyar bejáratánál a műfűre hajtott a McLaren jobb hátsó részével és keményen a gumifalnak csapódott.
A Williams pilótája, Maldonado szintén a gumifalban kötött ki - most a Degnernél, 12 perccel az edzés megkezdése után - míg Raikkönen autójának hátulját elveszítve a Dunlop kanyarnál a kavicságyban fejezte be az edzést fél órával a leintés előtt.
A finn pilóta korai búcsúzása ellenére a negyedik lett, mivel a mezőny a délután utolsó harmadában a hosszabb etapokra koncentrált.
Raikkönen így a Mercedes pilótája, Nico Rosberg mögött végzett, aki több, mint negyed másodperccel volt lassabb az első helyezett Vettelhez képest.
Raikkönen csapattársa, Romain Grosjean az ötödik lett, alig megelőzve Hamiltont, aki legjobb körét a közepes keveréken elrontotta, amikor a Degner kijáratát szélesen vette.
Alonso megpördülése csak az egyik hajmeresztő pillanata volt a spanyol pilótának, akinek a vasárnapi versenyen az első nyolcban kell végeznie ahhoz, hogy esélye legyen még a világbajnoki cím megszerzésére.
Alonso végül a tízedik lett a Toro Rosso pilótája Daniel Ricciardo, csapattársa Felipe Massa és a McLaren pilótája, Jenson Button mögött.
Esteban Gutierrez Jean-Eric Vergne-t és csapattársát, Nico Hülkenberget megelőzve a 11. helyen végzett, a három pilóta között kevesebb, mint egy tizedmásodperc volt a különbség.
Perez a 16., Maldonado a 18. helyen végzett hat kör teljesítése után.
A mezőny végi pilóták harcát Charles Pic nyerte, bár Jules Bianchi délelőtti balesete miatt nem vett részt az edzésen.
A Japán Nagydíj harmadik szabadedzése helyi idő szerint 11 órakor veszi kezdetét.
Japán Nagydíj - 2. szabadedzés végeredménye:
| Hely | Versenyző | Csapat | Idő | Körök |
| 1 | Sebastian Vettel | Red Bull | 1:33.852 | 35 |
| 2 | Mark Webber | Red Bull | 1:34.020 | 35 |
| 3 | Nico Rosberg | Mercedes | 1:34.114 | 36 |
| 4 | Kimi Räikkönen | Lotus | 1:34.202 | 17 |
| 5 | Romain Grosjean | Lotus | 1:34.411 | 30 |
| 6 | Lewis Hamilton | Mercedes | 1:34.442 | 36 |
| 7 | Daniel Ricciardo | Toro Rosso | 1:34.473 | 30 |
| 8 | Felipe Massa | Ferrari | 1:34.698 | 35 |
| 9 | Jenson Button | McLaren | 1:34.912 | 34 |
| 10 | Fernando Alonso | Ferrari | 1:35.087 | 32 |
| 11 | Esteban Gutiérrez | Sauber | 1:35.089 | 36 |
| 12 | Jean-Éric Vergne | Toro Rosso | 1:35.109 | 34 |
| 13 | Nico Hülkenberg | Sauber | 1:35.182 | 34 |
| 14 | Paul di Resta | Force India | 1:35.275 | 35 |
| 15 | Adrian Sutil | Force India | 1:35.341 | 25 |
| 16 | Sergio Perez | McLaren | 1:35.709 | 8 |
| 17 | Valtteri Bottas | Williams | 1:36.136 | 41 |
| 18 | Pastor Maldonado | Williams | 1:36.722 | 6 |
| 19 | Charles Pic | Caterham | 1:37.630 | 31 |
| 20 | Giedo van der Garde | Caterham | 1:37.905 | 36 |
| 21 | Max Chilton | Marussia | 1.38.121 | 33 |
| 22 | Jules Bianchi | Marussia | ---------- | 0 |
