Már az első szakaszban is több nagy névnek jelenése volt a Malajziai Nagydíj időmérőjén, ennek megfelelően komoly tűzijátékot is hozott a finálé. Végül Cal Crutchlow mindenkit átugorva lett az első, mellette pedig Danilo Petrucci jutott még tovább, így a szinte végig vezető Joan Mir búcsúzott, megelőzve a két Espargarót. Jorge Lorenzo a 18. rajtkockába kvalifikálta magát.
A Q2-ben rögtön bekezdtek a Yamahák: az első próbálkozások után Maverick Vinales vezetett Fabio Quartararo és Franco Morbidelli előtt, ráadásul a yári csapat spanyolja még a francia márkatárs pénteki pályacsúcsát is alaposan megközelítette. Mögöttük Crutchlow, Marc Marquez, Jack Miller és Valentino Rossi sorakozott.
Marquez a hajrát Quartararo mögött igyekezett megkezdeni, ám a repsolos már az első kombinációban elesett, méghozzá egy elég látványos bukást produkálva. A Petronas Yamaha franciája viszont 1:58,303-as rekordot repesztett, ezzel pedig idei ötödik rajtelsőségét zsebelte be. Vinales és Morbidelli révén a Yamaha kibérelte az első sort, míg a másodikba Miller, Crutchlow és Rossi fért be. Johann Zarco a kilencedik helyre kvalifikálta magát, Marquez viszont csak 11. lett a balesete után: Alex Rins, Danilo Petrucci és Andrea Dovizioso is előtte végzett, egyedül Francesco Bagnaia nem előzte meg.
Az időmérő végeredménye:
