Marquez 2,5 másodperc előnnyel a pole-ban

 A Q1-re megérkezett a napsütés Brnóba, és bár természetesen ez nem jelentette azt, hogy a pálya szárazzá vált volna a negyedik szabadedzés óta, de ahogy elkezdődött a körözgetés, a pálya bizonyos pontjaink felbukkant egy-egy szárazabb ív. Az etap felénél a két gyári KTM állt továbbjutó helyen (viszonylag megnyugtató, fél másodperces előnnyel), őket Guintoli, Nakagami, Oliveira és Mir követte. Az osztrákok uralmát Bagnaia zavarta meg egy pillanatra, de Zarco rögtön vissza tudta venni tőle a második helyet.

A hajrára aztán rendesen felpezsdült a helyzet, Nakagami átvette a vezetést, de Pol Espargaro szinte rögtön visszaelőzte a japánt. Bagnaia felzárkózott harmadiknak, ezzel eldőlt, hogy ő már nem juthat tovább. Zarco viszont abszolút legjobb időt ment mind a négy szektorban, végül kettő századdal múlta felül csapattársát. Ezzel el is dőlt, hogy végül mégis a két gyári KTM jutott tovább az időmérő edzés második szakaszába. Nakagami a 13., Mir pedig csupán a 19. rajthelyet szerezte meg.

A Q2 első említésre méltó eseménye Rins és Marquez csörtéje volt: a Honda világbajnoka feltartotta valamelyest honfitársát, aki eléggé keményen bebújt mellé. A két motoros még a boxutcába tartva is erősködött egymással, de komolyabb következménye nem lett az esetnek. Félidőhöz érve Zarco vezetett csapattársa és Miller előtt, ám eddigre szinte mindenki váltott slick gumikra – Pol Espargarot, Doviziosot és Rossit kivéve. Három perc volt hátra, és ekkor úgy nézett ki hogy az esőgumik bizonyultak nyerő választásnak, Dovizioso felzárkózott másodiknak.

Két és fél perc volt hátra, Marquez abszolút legjobb első két szektorral kezdett, ám ekkor ismét eleredt az eső. A címvédőt ez azonban nem akadályozta meg, egy másodperces előnnyel átvette a vezetést. Miller egy másodperces hátránnyal még éppen befért Zarco elé, Marquez pedig még tovább javított, végül két és fél másodperces előnnyel szerezte meg 58. királykategóriás pole pzícióját - ezzel beérte Mick Doohant az örökranglistán! Az utolsó pillanatokban egy esést begyűjtő Miller maradt a második a vizes pályás idejével első sorba jutó Zarco előtt, mögöttük pedig Dovizoso, Pol Espargaro és Rins végzett.