A MotoGP második szabadedzésével folytatódott a Cseh Nagydíj péntekének délutáni programja. A tréning Aleix Espargaro bukásával és Alex Rins elsőségével kezdődött. A Suzuki spanyol versenyzője egyébként nagyon sokáig maradt az élen, ám Maverick Vinales egy óriásit javítva átvette tőle a vezetést. A következő körök eseménytelenségét Valentino Rossi szakította meg, aki miután futott egy akkor még automatikus Q2-be jutást érő köridőt, motorhiba miatt kénytelen volt behajtani a bokszba.
Az új hondás vázat próbálgató Marc Marquez ugrott az élre az utolsó percekben, miközben a márkatárs Takaaki Nakagami esett el. Az utolsó percekben szokás szerint rengetegen tudtak javítani, és végül Fabio Quartararo zárt az élen. A top10-be a francián kívül Marquez, Jack Miller, Andrea Dovizioso, Vinales, Alex Rins, Franco Morbidelli, Cal Crutchlow, Rossi és Danilo Petrucci fért be ezúttal.
A második szabadedzés végeredménye:
