Marc Marquez büntetése után Johann Zarco indulhatott az első kockából a MotoGP eredetinél két órával korábbra hozott Malajziai Nagydíján. A startot Valentino Rossi kapta el a legjobban, az olasz könnyedén az élre állt, mögé Zarco és Jack Miller sorolt be. Marquez az első kör végén már a negyedik helyet is elvette Andrea Iannonétól, az utolsó kanyarban való megbillenésének pedig az ettől vélhetően kissé megijedő suzukis itta meg a levét, aki elcsúszása miatt idejekorán feladta a küzdelmet. Marquez ezt követően is folyamatosan lépdelt előre: előbb Millert, majd Zarcót is lenyomta – az ausztrál mellett egyébként Andrea Dovizioso és Dani Pedrosa, majd Alex Rins is elment.
Marquez eleinte Rossihoz is közeledett, a féltávhoz érve azonban egy másodperc fölé tornázta az előnyét a „Doktor”. Persze a repsolos sem hagyta magát, a futam utolsó harmadában tizedenként dolgozta le a hátrányát. Négy körrel a vége előtt aztán jött a dráma: a még akkor is hat tizeddel vezető Rossi elcsúszott az 1-es kanyarban, és bár vissza tudott még állni a versenybe, de nemcsak a győzelemről és a dobogóról, hanem a pontszerzésről is lemondhatott!
A vezetést megöröklő Marquez elsőségét pedig innentől már nem veszélyeztette semmi, kényelmes fölénnyel húzta be a győzelmet a hétszeres világbajnok. A második helyért viszont az utolsó körig tartott a csata: Rins a hajrában csente el az ezüstérmet Zarcótól. A szokás szerint rosszul rajtoló Maverick Vinales a negyedik helyig zárkózott vissza, majd jött Pedrosa és a Ducatival roppant gyenge versenyt teljesítő Dovizioso, míg a top10-be Alvaro Bautista, Jack Miller, Danilo Petrucci és a hazai közönség előtt szereplő Hafizh Syahrin fért még be. Folytatás és zárás két hét múlva Valenciában.
A futam végeredménye:
| 1 | Marc MARQUEZ | SPA | Repsol Honda Team | Honda | 40'32.372 |
| 2 | Alex RINS | SPA | Team SUZUKI ECSTAR | Suzuki | 1.898 |
| 3 | Johann ZARCO | FRA | Monster Yamaha Tech 3 | Yamaha | 2.474 |
| 4 | Maverick VIÑALES | SPA | Movistar Yamaha MotoGP | Yamaha | 4.667 |
| 5 | Dani PEDROSA | SPA | Repsol Honda Team | Honda | 6.19 |
| 6 | Andrea DOVIZIOSO | ITA | Ducati Team | Ducati | 11.248 |
| 7 | Alvaro BAUTISTA | SPA | Angel Nieto Team | Ducati | 15.611 |
| 8 | Jack MILLER | AUS | Alma Pramac Racing | Ducati | 19.009 |
| 9 | Danilo PETRUCCI | ITA | Alma Pramac Racing | Ducati | 22.921 |
| 10 | Hafizh SYAHRIN | MAL | Monster Yamaha Tech 3 | Yamaha | 26.919 |
| 11 | Aleix ESPARGARO | SPA | Aprilia Racing Team Gresini | Aprilia | 29.503 |
| 12 | Franco MORBIDELLI | ITA | EG 0,0 Marc VDS | Honda | 30.933 |
| 13 | Stefan BRADL | GER | LCR Honda CASTROL | Honda | 35.322 |
| 14 | Takaaki NAKAGAMI | JPN | LCR Honda IDEMITSU | Honda | 37.912 |
| 15 | Bradley SMITH | GBR | Red Bull KTM Factory Racing | KTM | 39.675 |
| 16 | Thomas LUTHI | SWI | EG 0,0 Marc VDS | Honda | 41.82 |
| 17 | Xavier SIMEON | BEL | Reale Avintia Racing | Ducati | 43.978 |
| 18 | Valentino ROSSI | ITA | Movistar Yamaha MotoGP | Yamaha | 58.288 |
| 19 | Scott REDDING | GBR | Aprilia Racing Team Gresini | Aprilia | +1'00.191 |
| Pol ESPARGARO | SPA | Red Bull KTM Factory Racing | KTM | ||
| Michele PIRRO | ITA | Ducati Team | Ducati | ||
| Karel ABRAHAM | CZE | Angel Nieto Team | Ducati | ||
| Andrea IANNONE | ITA | Team SUZUKI ECSTAR | Suzuki |
