Bár már a délelőtti edzésen is szemerkélt néhány ponton az eső, délután már teljesen vizes pálya fogadta a MotoGP mezőnyét a Malajziai Nagydíj pénteki napján. Az edzés első részében egyértelműen Marc Marquez diktálta a tempót, miközben egy furcsa incidenst is láthattunk a célegyenesre ráfordító kanyarban: Hector Barbera és Maverick Vinales ért össze, amelynek köszönhetően az avintiás a sóderágyban kötött, a yamahásnak pedig vissza kellett térnie a bokszba, ugyanis szemlátomást megsérült a motorja.
Ahogy valamelyest javultak a körülmények, Andrea Dovizioso is megjelent az élmezőnyben, sőt át is vette a vezetést Marqueztől – persze az idők jó tíz másodperccel rosszabbak voltak, mint az olasz délelőtti legjobbja. A Ducatik amúgy remekül mentek: a fináléra fordulva Jorge Lorenzo állt a harmadik, Danilo Petrucci pedig a negyedik helyen.
Dovizioso végül a leintésig megtartotta az elsőségét, bő fél másodperccel világbajnoki ellenfele, Marquez előtt. Őket ugyanilyen távolságból követte Lorenzo, majd jött legjobb yamahásként Maverick Vinales, megelőzve Petruccit és saját kollégáját, Valentino Rossit. Az első tízbe Alvaro Bautista, Alex Rins, Andrea Iannone és az Apriliát ezen a hétvégén egyedül képviselő Sam Lowes fért még be – az utolsó percekben egy esést is begyűjtő Johann Zarco épp csak lemaradt erről. Az összesített lista viszont természetesen a jórészt száraz első edzés eredményeit tükrözi vissza.
A 2. szabadedzés végeredménye:
| 1. | Andrea DOVIZIOSO | ITA | Ducati Team | Ducati | 2'11.640 | |
| 2. | Marc MARQUEZ | SPA | Repsol Honda Team | Honda | 2'12.166 | 0.526 / 0.526 |
| 3. | Jorge LORENZO | SPA | Ducati Team | Ducati | 2'12.695 | 1.055 / 0.529 |
| 4. | Maverick VIÑALES | SPA | Movistar Yamaha MotoGP | Yamaha | 2'12.878 | 1.238 / 0.183 |
| 5. | Danilo PETRUCCI | ITA | OCTO Pramac Racing | Ducati | 2'13.048 | 1.408 / 0.170 |
| 6. | Valentino ROSSI | ITA | Movistar Yamaha MotoGP | Yamaha | 2'13.071 | 1.431 / 0.023 |
| 7. | Alvaro BAUTISTA | SPA | Pull&Bear Aspar Team | Ducati | 2'13.291 | 1.651 / 0.220 |
| 8. | Alex RINS | SPA | Team SUZUKI ECSTAR | Suzuki | 2'13.416 | 1.776 / 0.125 |
| 9. | Andrea IANNONE | ITA | Team SUZUKI ECSTAR | Suzuki | 2'13.483 | 1.843 / 0.067 |
| 10. | Sam LOWES | GBR | Aprilia Racing Team Gresini | Aprilia | 2'13.561 | 1.921 / 0.078 |
| 11. | Johann ZARCO | FRA | Monster Yamaha Tech 3 | Yamaha | 2'13.648 | 2.008 / 0.087 |
| 12. | Jack MILLER | AUS | EG 0,0 Marc VDS | Honda | 2'13.740 | 2.100 / 0.092 |
| 13. | Karel ABRAHAM | CZE | Pull&Bear Aspar Team | Ducati | 2'13.760 | 2.120 / 0.020 |
| 14. | Cal CRUTCHLOW | GBR | LCR Honda | Honda | 2'13.872 | 2.232 / 0.112 |
| 15. | Scott REDDING | GBR | OCTO Pramac Racing | Ducati | 2'14.281 | 2.641 / 0.409 |
| 16. | Pol ESPARGARO | SPA | Red Bull KTM Factory Racing | KTM | 2'14.287 | 2.647 / 0.006 |
| 17. | Bradley SMITH | GBR | Red Bull KTM Factory Racing | KTM | 2'14.543 | 2.903 / 0.256 |
| 18. | Dani PEDROSA | SPA | Repsol Honda Team | Honda | 2'14.574 | 2.934 / 0.031 |
| 19. | Michael VAN DER MARK | NED | Monster Yamaha Tech 3 | Yamaha | 2'14.938 | 3.298 / 0.364 |
| 20. | Hector BARBERA | SPA | Reale Avintia Racing | Ducati | 2'15.163 | 3.523 / 0.225 |
| 21. | Tito RABAT | SPA | EG 0,0 Marc VDS | Honda | 2'16.280 | 4.640 / 1.117 |
| 22. | Loris BAZ | FRA | Reale Avintia Racing | Ducati | 2'17.627 | 5.987 / 1.347 |
