A rendhagyó Phillip Island-i időrendnek köszönhetően a MotoGP második szabadedzése zárta a pénteki programot. Akciódúsan telt az első tíz perc: a hétvégén a Ducati gyári csapatánál Jorge Lorenzót helyettesítő Alvaro Bautista elesett a 6-os kanyarban, majd nem sokkal később Marc Marquez ugyanott kiszáguldott a sóderágyba, ő azonban meg tudott állni a fal előtt. A hétszeres világbajnok egy ideig így is vezetett, de aztán előbb márkatársa, Cal Crutchlow, majd a suzukis Andrea Iannone tört az élre.
A hajrát Crutchlow bukása indította, a brit szemmel láthatóan fájdalmakkal küzdött az 1-es kanyar bukóterében, az orvosi központba is kellett őt vinni. Az orvosok megállapították, hogy több csont is eltörött Crutchlow jobb bokájában, így a brit nem tudja folytatni a hétvégét.
Az élmezőnyben pedig a végén feltett lágy gumiknak köszönhetően többen is gyorsultak, végül Iannone bizonyult a leggyorsabbnak 1:29,131-es idővel. Danilo Petrucci lett a második, majd jött Maverick Vinales, azaz három márka képviselői zártak az élen. Marquez csak hetedikként zárt, míg az egy másodperces hátrányban lévő Valentino Rossi épp csak befért az első tízbe – rajtuk kívül Johann Zarco, Alex Rins és Jack Miller áll még Q2-t érő helyen.
A 2. szabadedzés végeredménye:
| 1. | Andrea IANNONE | ITA | Team SUZUKI ECSTAR | Suzuki | 1'29.131 | |
| 2. | Danilo PETRUCCI | ITA | Alma Pramac Racing | Ducati | 1'29.291 | 0.160 / 0.160 |
| 3. | Maverick VIÑALES | SPA | Movistar Yamaha MotoGP | Yamaha | 1'29.354 | 0.223 / 0.063 |
| 4. | Andrea DOVIZIOSO | ITA | Ducati Team | Ducati | 1'29.406 | 0.275 / 0.052 |
| 5. | Cal CRUTCHLOW | GBR | LCR Honda CASTROL | Honda | 1'29.616 | 0.485 / 0.210 |
| 6. | Johann ZARCO | FRA | Monster Yamaha Tech 3 | Yamaha | 1'29.686 | 0.555 / 0.070 |
| 7. | Marc MARQUEZ | SPA | Repsol Honda Team | Honda | 1'29.739 | 0.608 / 0.053 |
| 8. | Jack MILLER | AUS | Alma Pramac Racing | Ducati | 1'29.838 | 0.707 / 0.099 |
| 9. | Alex RINS | SPA | Team SUZUKI ECSTAR | Suzuki | 1'29.918 | 0.787 / 0.080 |
| 10. | Valentino ROSSI | ITA | Movistar Yamaha MotoGP | Yamaha | 1'30.133 | 1.002 / 0.215 |
| 11. | Hafizh SYAHRIN | MAL | Monster Yamaha Tech 3 | Yamaha | 1'30.179 | 1.048 / 0.046 |
| 12. | Bradley SMITH | GBR | Red Bull KTM Factory Racing | KTM | 1'30.346 | 1.215 / 0.167 |
| 13. | Dani PEDROSA | SPA | Repsol Honda Team | Honda | 1'30.472 | 1.341 / 0.126 |
| 14. | Pol ESPARGARO | SPA | Red Bull KTM Factory Racing | KTM | 1'30.545 | 1.414 / 0.073 |
| 15. | Alvaro BAUTISTA | SPA | Ducati Team | Ducati | 1'30.734 | 1.603 / 0.189 |
| 16. | Aleix ESPARGARO | SPA | Aprilia Racing Team Gresini | Aprilia | 1'30.736 | 1.605 / 0.002 |
| 17. | Franco MORBIDELLI | ITA | EG 0,0 Marc VDS | Honda | 1'30.787 | 1.656 / 0.051 |
| 18. | Takaaki NAKAGAMI | JPN | LCR Honda IDEMITSU | Honda | 1'30.830 | 1.699 / 0.043 |
| 19. | Karel ABRAHAM | CZE | Angel Nieto Team | Ducati | 1'31.166 | 2.035 / 0.336 |
| 20. | Xavier SIMEON | BEL | Reale Avintia Racing | Ducati | 1'31.275 | 2.144 / 0.109 |
| 21. | Thomas LUTHI | SWI | EG 0,0 Marc VDS | Honda | 1'31.539 | 2.408 / 0.264 |
| 22. | Jordi TORRES | SPA | Reale Avintia Racing | Ducati | 1'31.570 | 2.439 / 0.031 |
| 23. | Scott REDDING | GBR | Aprilia Racing Team Gresini | Aprilia | 1'32.045 | 2.914 / 0.475 |
| 24. | Mike JONES | AUS | Angel Nieto Team | Ducati | 1'33.633 | 4.502 / 1.588 |
