Szombat délelőtt, a harmadik szabadedzés után nyilvánvalóvá vált, hogy a Japán Nagydíj rajtrácsát is alaposan fel fogják bolygatni a büntetések, hiszen az időmérő kezdete előtt újabb hátrasorolásokat erősített meg az FIA különféle motorelemek és váltók cseréje miatt. Az élcsapatok két pilótája, Kimi Raikkönen és Valtteri Bottas is 5-5 rajthelyes hátrasorolással vágott neki a kvalifikációnak, míg Carlos Sainzra és Jolyon Palmerre 20-20, Fernando Alonsóra pedig 35 helynyi büntetés várt.
A Q1-ben aztán Bottas kis híján ismét a falnak ütközött, a Degner 2-ből kiérkezve ugyanis szélesen fordult, és csak éppen hogy vissza tudta kanalazni az autóját az aszfalt felé. Végül aztán Lewis Hamilton vezetésével gond nélkül továbbjutottak az élcsapatok autói az első szakaszból, amelynek idő előtt véget kellett vetni Romain Grosjean balesete miatt. A francia az 5-ös kanyarban csapta falhoz nagy erővel az autóját, majd a rádióban arról panaszkodott, hogy valami nem volt rendben a Haasszal az incidens előtt. A csapattagoknak mindenesetre Sepang után ismét szinte az alapokról kell újraépíteniük a 8-as számú autót. Belengették a piros zászlót, ám mivel ekkor már csak 1 perc és 18 másodperc maradt hátra, ami nem elég egy felvezető körhöz sem, véget vetettek a Q1-nek. A kiesők között végzett maga Grosjean is, valamint Pierre Gasly, Lance Stroll és a két Sauber.
Hamilton a Q2-t rögtön egy óriási pályarekorddal kezdte. A Suzukában futott korábbi legjobb köridő még 2006-ból származott, amikor Michael Schumacher 1:28,954-re volt képes, és amikor ez most megdőlt, a brit rögtön több mint egy másodpercet faragott belőle, 1:27,819-re módosítva az új etalont. A Mercedes pilótája aztán levezető körén látszólag feltartotta Felipe Massát, ám a Williams brazilja valójában felvezető körén járt, így nem történt akadályozás. Ellenben a Lance Strollt a Q1-ben jóval látványosabban feltartó Sergio Pereznek magyarázkodnia kell majd. A Q2-ben kiesett Stoffel Vandoorne, Nico Hülkenberg, Kevin Magnussen, Jolyon Palmer és Carlos Sainz.
A Q3 kezdetén aztán Hamilton egy még erősebb, 1:27,345-ös időt rakott le elsőre, amit Sebastian Vettel tudott legjobban megközelíteni, de ő is csak négytizedes hátránnyal. A brit aztán a végére még egy kicsit tudott javítani, de senki nem érhetett a nyomába, így első alkalommal szerzett pole-pozíciót Suzukában, és elmondhatja magáról, hogy az idei versenynaptár minden egyes pályáján nyert már időmérőt. Bottas végül három tizedre meg tudta őt közelíteni, és megszerezte a második helyet, de büntetése miatt hátra fog csúszni öt pozíciót. Hamilton mellé így a most harmadikként végző Sebastian Vettel fog felállni a rajtrácsra, mögöttük a két Red Bull-lal, Daniel Ricciardóval és Max Verstappennel. Kimi Raikkönen nem remekelt a Q3-ban, az első körét elrontotta, és a másodikkal is csak 6. helyet szerzett, és ehhez adódik majd még hozzá a váltócserés büntetése.
Az időmérő végeredménye:
Q3 | Versenyző | Csapat | Idő | Hátrány |
1 | Lewis Hamilton | Mercedes | 1:27.319 | |
2 | Valtteri Bottas | Mercedes | 1:27.651 | 0.332 |
3 | Sebastian Vettel | Ferrari | 1:27.791 | 0.472 |
4 | Daniel Ricciardo | Red Bull-TAG Heuer | 1:28.306 | 0.987 |
5 | Max Verstappen | Red Bull-TAG Heuer | 1:28.332 | 1.013 |
6 | Kimi Räikkönen | Ferrari | 1:28.498 | 1.179 |
7 | Esteban Ocon | Force India-Mercedes | 1:29.111 | 1.792 |
8 | Sergio Pérez | Force India-Mercedes | 1:29.260 | 1.941 |
9 | Felipe Massa | Williams-Mercedes | 1:29.480 | 2.161 |
10 | Fernando Alonso | McLaren-Honda | 1:30.687 | 3.368 |
Q2 | ||||
11 | Stoffel Vandoorne | McLaren-Honda | 1:29.778 | 1.959 |
12 | Nico Hülkenberg | Renault | 1:29.879 | 2.060 |
13 | Kevin Magnussen | Haas-Ferrari | 1:29.972 | 2.153 |
14 | Jolyon Palmer | Renault | 1:30.022 | 2.203 |
15 | Carlos Sainz | Toro Rosso-Renault | 1:30.413 | 2.594 |
Q1 | ||||
16 | Romain Grosjean | Haas-Ferrari | 1:30.849 | 1.802 |
17 | Pierre Gasly | Toro Rosso-Renault | 1:31.317 | 2.270 |
18 | Lance Stroll | Williams-Mercedes | 1:31.409 | 2.362 |
19 | Marcus Ericsson | Sauber-Ferrari | 1:31.597 | 2.550 |
20 | Pascal Wehrlein | Sauber-Ferrari | 1:31.885 | 2.838 |