Az első edzés végén megérkezett eső a következő órákban tovább erősödött, olyannyira, hogy két és fél órával később, a második tréning kezdetekor már a Formula-1-es autók számára veszélyes körülmények uralkodtak Suzukában. A szakadó eső mellett néhány helyen, köztük a célegyenes végén is fennállt az aquaplaning veszélye, így az FIA nem adta meg a zöld jelzést a mezőny számára közép-európai idő szerint reggel 7 órakor.
A biztonsági autó negyedóránként kihajtott, hogy felmérje a körülményeket, de a nézők egy darabig csak annak szoríthattak, hogy a Pascal Wehrlein és Stoffel Vandoorne által a bokszutcában úszó vízen elengedett papírhajó baleset nélkül eljusson útja végére.
45 perc után, vagyis az edzésidő felénél aztán zöldre váltott a lámpa a bokszutca végén, miután az eső kissé alábbhagyott, így lehetővé vált a mezőny számára, hogy felmérje a körülményeket az erősen vizes pályán, amely az előrejelzések szerint az időmérőn és a versenyen sem fog megismétlődni.
Így is beletelt néhány percbe, mire valaki kihajtott: Kimi Raikkönen volt az első, aki délután felavatta a pályát, de végül csak 14 autó hagyta el a garázst, és közülük is mindössze öten futottak mért időt. Lewis Hamilton teljesítette a legjobb kört 1:48,719-cel, mögötte Esteban Ocon és Sergio Perez révén a két Force India, majd Felipe Massa és Lance Stroll révén a két Williams végzett - és ők is mind csak egy-egy gyorskörre hajtottak ki, tehát a legkevésbé sem nevezhetők reprezentatívnak az eredmények. Stroll négy körébe egy hajmeresztő pillanatnak is jutott hely, a kanadai egy alkalommal elhagyta a pályát az 1-es kanyarban, és hajszálon múlt, hogy a kavicságyon átszánkázva el tudta kerülni a fallal való találkozást.
Az utolsó percekre ismét felerősödött az eső, így így a kockás zászlót már az üres pályának lengette a versenybíró. Valtteri Bottas és a két Red Bull azzal sem törte magát, hogy egyáltalán kihajtsa autóját a bokszutcából. A futamra való felkészülés, a feltankolt autóval való körözés tervei ezzel meghiúsultak, a csapatok bíznak abban, hogy az időjárás szombatra jobbra fordul.
A második szabadedzés végeredménye:
# | Versenyző | Csapat | Idő | Hátrány | Kör |
1 | Lewis Hamilton | Mercedes | 1:48.719 | 4 | |
2 | Esteban Ocon | Force India-Mercedes | 1:49.518 | 0.799 | 3 |
3 | Sergio Pérez | Force India-Mercedes | 1:51.345 | 2.626 | 3 |
4 | Felipe Massa | Williams-Mercedes | 1:52.146 | 3.427 | 3 |
5 | Lance Stroll | Williams-Mercedes | 1:52.343 | 3.624 | 4 |
6 | Kimi Räikkönen | Ferrari | 1 | ||
7 | Nico Hülkenberg | Renault | 1 | ||
8 | Jolyon Palmer | Renault | 1 | ||
9 | Marcus Ericsson | Sauber-Ferrari | 3 | ||
10 | Sebastian Vettel | Ferrari | 1 | ||
11 | Fernando Alonso | McLaren-Honda | 2 | ||
12 | Pascal Wehrlein | Sauber-Ferrari | 2 | ||
13 | Carlos Sainz | Toro Rosso-Renault | 1 | ||
14 | Stoffel Vandoorne | McLaren-Honda | 1 | ||
Daniel Ricciardo | Red Bull-Renault | 0 | |||
Max Verstappen | Red Bull-Renault | 0 | |||
Valtteri Bottas | Mercedes | 0 | |||
Pierre Gasly | Toro Rosso-Renault | 0 | |||
Kevin Magnussen | Haas-Ferrari | 0 | |||
Romain Grosjean | Haas-Ferrari | 0 |