Alonso 1999-ben találkozott Rebeccával egy gokart versenyen. A lány apja egy asztúriai gokartpálya melletti bár tulajdonosa volt. Rebecca Spanyolországban, az avilesi konzervatóriumban csellózott és tanult zenét, majd – mikor párja is Angliában lakott – Oxfordban folytatta tanulmányait. 2004-es szakításuk után az egyik német lap arról cikkezett, hogy a pilótát érzelmileg zsarolta egykori barátnője, mert nem fogadta el a szétválás tényét, hívogatta őt és többször meglepte látogatásaival Barcelonában. A versenyző szóvivője a pletykákat hülyeségnek nevezte, és nyíltan tagadta, hogy ilyesmi történt volna.
„A magánélet az magánélet, de biztosíthatom Önöket arról, hogy Fernando jól kijön Rebeccával. Szó sincs zaklatásról vagy üldözésről.”
A katalán származású Carolina Costával 2004-ben találkozott, mikor a lány és versenyző testvére, Albert meglátogatta Alonsót bokszában Montmelóban. Fernando elkérte Carolina telefonszámát, de a lány eleinte elutasította a pilóta közeledését - később azonban elválaszthatatlan párossá váltak. 2005 augusztusában szakítottak, Carolina állítólag ezután visszatért előző barátjához, akit Alonso miatt hagyott ott.
A pletykák szerint Alonso 2005 nyarán Fliss Jaine-nel járt két hónapig. A modell rövid kapcsolatuk és együttléteik minden részletét megosztotta az újságokkal, ám a pilóta sosem erősítette meg azt, hogy köze lett volna a lányhoz.
A pár tagjai a Goodwood Festival of Speeden találkoztak először, a pilóta elkérte a modell számát, vacsorázni hívta Londonba, majd hazavitte oxfordshire-i otthonába. A Brit Nagydíj előtt állítólag egy maratoni hosszúságú vad éjszakát töltöttek együtt – a pilóta szerint ez volt az oka annak, hogy nem tudott győzni Silverstone-ban.
„Amikor kiszállt az autóból, rázta a fejét felém, és árulkodó pillantásokat vetett. Fernandónak az egyetlen eshetőség az volt, hogy az első helyen végez, és tudom, hogy az előző éjszakát hibáztatta azért, hogy nem sikerült győznie. De úgy gondolta, azért így is megérte” – mondta a modell.
„Ideges voltam, mikor először vele aludtam. Amikor fiatal voltam, olvastam az apám Grand Prix magazinját, és láttam a pilótabarátnőket. Hirtelen én voltam az egyikük. Azt gondoltam: a pokolba, egy ágyban vagyok Alonsóval. Olyan volt, mint egy álom.”
Flisst elsősorban a pilóta fizikuma és a spanyol akcentusa fogta meg, de kapcsolatuk során kiütköztek a nyelvi korlátok.
„Azt mondta: olyan sok mindent szeretnék mondani neked, de nem tudom lefordítani. Ez nagyon frusztrált engem, így próbáltam neki minél több dolgot megtanítani angolul.”
„Egyszer megkérdeztem őt, mire gondol vezetés közben. Azt mondta: a következő kanyarra… de az egyenesekben rád gondolok.”
A modell állítása szerint Alonso a szakításuk után is felkereste őt, amikor már következő barátnőjével randevúzgatott. Üzent a lánynak, hogy látogassa meg őt abban a wokingi hotelben, ahol megszállt, de a modell ezúttal visszautasította.
„Egy részem szerette volna, de nem akartam, hogy könnyű legyen neki. Nagyon megbántott.”
Fliss után egy másik szépség következett a pilóta hódítási listáján. Még ugyanabban az évben néhány hónapig járt Jenny Kessler német modellel. A lány szerint csak barátok voltak, de elkísérte a pilótát a Német Nagydíjra és a hungaroringi verseny után is találkoztak. Jenny állítólag a pilótával való flört alatt már el volt jegyezve egy másik férfival. Végül mégis egy harmadik férfi, Mike Hanke német focista mellett állapodott meg, akivel 2012-ben házasodtak össze. Azóta két gyermekük született, Janatha-Fey és Jayron-Cain.
Raquel del Rosarióval 2005 novemberében egy műsorban találkozott először a Madrid Arénában, amit a pilóta tiszteletére szerveztek. Fernando kérésére hívták meg többek között Raquel bandáját is. A kanári-szigetekről származó lány a sikeres spanyol popcsapat, az El Sueno de Morfeo (Morfeusz álma) énekesnője. A műsorban Alonso bevallotta, hogy a közutakon vezetés közben szokta őket hallgatni, és szokatlan őszinteséggel vallott magánéletéről is – elmondta, hogy szabad a szíve.
„A magányosság az életem része, sok dolog miatt. Romantikus vagyok, de nincs barátnőm”
„Az első, amit megnézek egy nőn, az a fizikuma. Nem vagyok birtokló típus, de egy kicsit féltékeny. Ha elmegyek valahova, és az emberek felismernek, távozok, mert szégyellőssé válok. Fájó, hogy nem csókolhatok meg egy lányt nyilvánosan.”
Raquel is szabad volt, előtte néhány hónappal szakított korábbi barátjával, Daviddal, a csapat egyik gitárosával. Az énekesnő és a pilóta is elmondta, hogy akkor találkoztak életükben először, és Raquel bevallotta, hogy vonzónak találta Alonsót. Pillantásaikból látszott a kölcsönös vonzalom, később kiderült, ez a találkozás kapcsolatuk kezdetét jelentette. Eleinte többször látták őket Oviedóban, amikor moziba indultak vagy csak sétálgattak az utcán. Ám később, mivel védték magánéletüket, alig lehetett róluk közös fotókat látni.
A pár 2006 februárjában megtartotta az eljegyzést, november 17-én pedig össze is házasodtak. Az esküvő titokban zajlott, mindenki tudta, hogy egy párt alkotnak, de a családon és közeli barátokon kívül senki nem lehetett biztos abban, hogy megtartották a ceremóniát. Csak két évvel később erősítették meg, hogy összeházasodtak. Amennyire lehetséges volt, próbálták megóvni magánéletüket a nyilvánosság elől. Különböző életstílusukból adódóan kevés időt tudott együtt tölteni, és szerették volna, ha a belsőséges pillanataik nem az újságok címlapján köszönnek vissza.
A pilóta és az énekesnő családjában különböztek a vélemények az esküvőt illetően. Alonso apja úgy gondolta, hogy a versenyző még nagyon fiatal ehhez, és mivel csak nemrég kezdődött a kapcsolata Raquellel, nem kellene elsietnie a dolgokat. Az énekesnő családja viszont nagyon vallásos, és szerették volna, ha a pár minél előbb megtartja az esküvőt. A versenyző nem hallgatott apjára, és a pár hamarosan elkezdte a ceremónia előkészületeit.
2006-ig Oxfordban éltek, majd Svájcba költöztek, de 2010-ben visszatértek Oviedóba, hogy Alonso közelebb lehessen a családjához.
2009 végén merültek fel az első pletykák arról, hogy válságba jutott a kapcsolatuk. 2011 decemberében a pár közleményben erősítette meg, hogy végleg elváltak útjaik. Közös döntésüket jól átgondolták, és barátságban állnak a mai napig.
„Öt év házasság után úgy döntöttünk, befejezzük a kapcsolatunkat. Nagyon nehéz, de kölcsönös döntés volt. Elválunk, de barátok maradunk, még mindig nagyon erős a szeretet köztünk, és a kölcsönös csodálat, hogy biztosítsuk egymásnak a boldogságot. Ezzel a közleménnyel, melyet azoknak szánunk, akik követik a karrierünket, szeretnénk véget vetni a spekulációknak. Ezzel együtt kérjük a médiát, hogy tartsa tiszteletben a magánéletünket, melyet, mint tudjátok, mindig is szerettünk volna védeni. Szeretettel, Raquel és Fernando”
„Fernando és én elhatároztuk, hogy kiadunk egy közleményt, hogy elmondjuk, megváltozott a kapcsolatunk, és megakadályozzuk, hogy olyan módon jusson el másokhoz, ami nem valós. Ha nyilvánosságra hozol egy ilyen sztorit, mindenki meg akarja tudni az okokat, amik ehhez a döntéshez vezetettek, ez nehézséget okoz ilyen fájó időszakban” – írta Raquel a blogjában.
„Azzal együtt, hogy milyen nehéz volt meghozni ezt a döntést, a szívem mélyén biztos vagyok benne, hogy mi ketten szeretettel és őszintén tettük meg ezt, arra gondolva, hogy mi a legjobb a boldogságunk szempontjából.”
„Semmit nem változtatnék meg abból, amit együtt megéltünk az elmúlt években, szükségünk volt a rossz időszakokra is, hogy tanuljunk belőle. Nem úgy tekintek erre, mint veszteségre. Fer továbbra is kiemelt helyet foglal el a szívemben, és én is az övében.”
Az énekesnő új párjával, fotós és filmes Pedro Castróval az együttes egyik videoklipjének forgatásán találkozott. 2013 októberében házasodtak össze, 2014 júliusában pedig megszületett első közös gyermekük, Leo.
A pilóta következő barátnőjével, Xenia Tchoumitcheva modellel közös képeik 2012-ben szivárogtak ki az interneten, de a „pár” tagjai azt mondták, ők csak közeli jó barátok. A lány Oroszországban született, de 6 éves korában Svájcba költözött. Már gyerekként elkezdett modellkedni, 2006-ban a második helyen végzett hazája szépségversenyén. Szerepelt neves férfimagazinokban, az egyik 2012-ben „Az év legszebb hölgyének” választotta. Xenia a színészettel is megpróbálkozott, szerepelt reklámokban, videoklipekben, valamint a New York-i filmakadémián vett színészet órákat, ezután szerepelt néhány filmben is. Szépségversenyek műsorvezetője volt, saját tévéműsort is indított. A modell egyébként közgazdaságtanból diplomázott és öt nyelven beszél.
A 2012-es Indiai és az Abu Dhabi Nagydíjon feltűnt a Ferrari bokszában, majd együtt látták a pilótával Hongkongban és lencsevégre kapták őket Rómában is. Miután nyilvánosságra került néhány kép, amelyen mindketten szerepelnek, az összes spanyol lap az ő kapcsolatukkal kezdett el foglalkozni. A modell úgy nyilatkozott, hogy szuper barátok Fernandóval, a pilóta viszont már nem volt ilyen boldog a fotók láttán, és tagadta, hogy együtt lettek volna Xeniával.
„Sok képet láttam az internetes oldalakon. Egy hétvégét Ázsiában töltöttem, egy másikat Rómában, mindkettőt barátokkal. Az emberek fotóznak, és nyilvánosságra hozzák, másolják, megvágják. Mindig próbálnak kreálni valamit. Mindenki, aki ismer, tudja, hogy ha lesz egy új barátnőm, nem fognak felkerülni a képeink az internetre, ez biztos” – mondta Alonso.
A média szerint pontosan a kiszivárgott képek miatt vetett véget a kapcsolatnak a versenyző. Értesüléseik szerint Alonso exfeleségének, Raquelnek házasságuk alatt nem volt „engedélye” arra, hogy a közösségi oldalakra felrakja közös képeiket, Xenia viszont Fernando beleegyezése nélkül publikálta a fotókat, és ezek segítségével kreált egy sztorit.
Ezután egy újabb orosz modell, Dasha Kapustina következett a sorban, akivel állítólag 2011 októberében ismerkedett meg Alonso a Japán Nagydíj utáni afterpartin egy tokiói klubban. Ezután tartották a kapcsolatot, de csak a 2012-es Kínai Nagydíjon találkoztak újra, és kezdtek el randizni. A modell ezután több futamra is elkísérte a pilótát, és közösségi oldalára is kirakhatta fotóikat. Dashát Szingapúrban láthattuk utoljára versenyhétvégén, sokakat meglepett, hogy később az Orosz Nagydíjon sem volt ott.
Felmerült az eljegyzés híre, állítólag látták őket gyűrűket nézegetni, pletykáltak arról, hogy azért nem utazgat, mert terhes, közben egyes lapok már azt feltételezték, hogy szakítottak. Karácsonykor, amikor Fernando már új párjával mutatkozott, mindenki számára világossá vált, hogy Dasha egy ideje már kikerült a pilóta életéből. Új életet kezdett Alonso nélkül, Dubaiból visszatért családjához, barátaival és testvéreivel töltötte idejét. A szakítás fájó volt számára, de arra törekedett, hogy megtalálja életében az egyensúlyt mind fizikailag, mind érzelmileg.
„Az elmúlt hónapokban elfoglalt voltam, sok mindennel foglalkoztam, jó dolgokkal és kevésbé jókkal; de ne beszéljünk szomorú dolgokról… Jó, hogy vannak barátaim, akik stabilizálják a kedvemet” – írta az egyik képhez, melyet közösségi oldalára posztolt.
Alonso jelenlegi párja Lara Alvarez spanyol újságíró, műsorvezető, akivel bátran mutatkoznak nyilvánosan kéz a kézben, nem zavarják őket még a paparazzik sem. Láthatóan boldogok együtt, olyan jól kijönnek egymással, hogy állítólag hamarosan már az esküvőre is sor kerülhet.