A pilóta első feleségével, Maria Helenával 1968-ban, jóval az F1-es karrierje előtt találkozott - a versenyző éppen akkor fejezte be Formula 3-as pályafutását. A nőnek akkor még fogalma sem volt, hogy ki Emerson és mivel foglalkozik. Ő egy repülőtéren dolgozott, a British Airways-nél és barátok voltak Suzy-val - Wilson Fittipaldi párjával - aki egy nap bemutatta a pilótának. Hat hónap után a pár összeházasodott Angliában, a Brazil Nagykövetségen. Mivel Maria Helena anyja angol, egy évig a szigetországban maradtak, majd később évekig Svájcban éltek. Három gyermekük született, Juliana 1974-ben, Jayson 1976-ban és Tatiana 1981-ben.
Helena ma a brazíliai Atibaiában él, a Női Pilóták Egyesületének (Association of Women Pilots Automobile Competitive) elnöke. Öt nyelven beszél folyékonyan, angolul, franciául, spanyolul, olaszul, portugálul és egy kicsit németül is ért.
A pár tizenhárom év házasság után, 1983-ban szakított, Emerson ugyanabban az évben ismerte meg második feleségét, Teresát. Maria Helena egy újságból tudta meg, hogy férjét már egy másik nő érdekli. Ez nagyon fájdalmas és kiábrándító volt számára. Feszült kapcsolatuk ellenére is nagyon bántotta, hogy nem Emersontól tudta ezt meg. A pilóta kezdetben tagadta viszonyát, de a szakítás már elkerülhetetlen volt. Maria Helena a válás ellenére sosem gondolt arra, hogy elhagyja férje vezetéknevét, mert nagyon büszke rá és úgy gondolja, hogy lehetetlen lenne kitörölni az életéből azt az időszakot.
Legidősebb lánya, Juliana Svájcban született, de 12 éves koráig nagyrészt Brazíliában lakott, majd anyjával és testvéreivel Miamiba költözött. Itt találkozott Carlos DaCruzzal, aki szintén brazil származású és akihez később feleségül is ment. A férfinak egy logisztikai cége van hazájában, így sokszor utazott Sao Paulóba családjával - ennek köszönhetően Emerson gyakran láthatta lányát és unokáit, Pietrót, Valentinát és Enzót. A két fiú a pilóta nyomdokaiba lépett, Pietro gokartozni kezdett, majd a NASCAR felé vette az irányt, később a formaautókra váltott, tavaly megnyerte a Protyre Formula Renault bajnokságot is. Nagyapja folyamatosan ellátja tanácsokkal, minden verseny és időmérő előtt beszélnek. Enzo is gokartban kezdte karrierjét, majd Legend Carsra váltott és reméli, követheti testvére nyomdokait. Valentina - amikor nem a pálya mellett drukkol testvéreinek - színházba jár, vagy teniszezik a helyi csapatban.
Jayson ma Miamiban él, született már egy fia - Oliver – párjától, a kolumbiai származású Monicától.
Tatiana pedig Max Papis egykori F1-es és jelenlegi NASCAR versenyző felesége lett. A lány unokatestvérének, Christian Fittipaldinak jó barátja a pilóta, együtt versenyeztek a Champ Carban, így ismerkedett meg a pár. Találkozásuk nem volt szerelem első látásra a lány szerint, de Max nagyon kitartó volt. Már több mint tíz éve vannak együtt, két gyermekük született, Marco és Matteo.
De visszatérve Emerson Fittipaldira, második feleségével, Teresával Sao Paulóban találkozott. Tizenkét év után, 1995 szeptemberében, a vatikáni Szent Péter bazilikában esküdtek meg húsz vendég társaságában. Két gyermekük született, Joan 1987-ben és Luca 1991-ben. 12 év után, 2001-ben váltak el.
Egy régi történet szerint Teresa csikóhal alakú arany fülbevalói hoztak szerencsét a pilótának és emiatt nyerte meg az Indy 500-at. Egy évvel később Arie Luyendyk versenyző felesége, Mieke ugyanolyan ékszereket viselt a futamot megelőző parádén, majd a versenyre is meghagyta őket, mert valaki mondta neki, hogy szerencsét hoznak – aznap pedig az ő férje győzött a versenyen. Sok pilótabarátnőnek volt ekkoriban ilyen fülbevalója, de a titokzatos történet szerint csak azoknak hoz szerencsét, akik a futam előtt egy héttel kapták azt ajándékba férjüktől. Teresa minden repülőútja alkalmával viseli ezt az ékszert, mert így nem gondol arra, hogy bármi rossz történhet vele. Ma Cartier ékszereket árul saját vállalkozásában.
A harmadik feleség, Rossana Fanucchi Emersonnal egy helyi edzőteremben, egy aero jazz táncórán találkozott először 2001-ben. Rossana az egészséges életmód híve, sokat sportol, nagyon odafigyel az étkezésekre, mindezt pedig nagyszerű humorral és természetességgel mutatja közösségi oldalán közzétett képeivel és blogbejegyzéseivel. Rossanának közgazdász végzettsége van és korábban egy ruhaboltban dolgozott.
A 32 év korkülönbség nem zavarja őket, Emerson szerint ő hiába idősebb, fejben fiatal maradt, Rossana pedig érettebb gondolkodású a koránál. A nő nagyapja szintén versenyző volt, de a lány egyáltalán nem is szerette a versenyzést, mielőtt találkozott jelenlegi párjával.
Két gyermekük született, Emerson – becenevén Emo – 2007-ben, Vittoria 2012 elején jött világra. Emót is érdekli a versenyzés világa, hétévesen debütált gokartban.
Esküvőjüket 2012. december 7-én tartották Sao Paulóban szűk családi körben. Eredetileg Trancosóban akartak megesküdni, de csupán két hónappal a ceremónia előtt találták ki a házasságot, így már nem tudtak minden vendégnek repülőjegyet szerezni. A dátumot a vőlegény választotta, mert hét gyermeke és hét unokája van, valamint egyik balesetét 7-én élte túl. Rossana szerint azóta álmodtak a házasságról, hogy találkoztak, sokat gondolkoztak rajta, hogy mikor tartsák meg az esküvőt.
A pilóta összes gyermeke ott állt az oltárnál, ami lánya, Juliana szerint csodálatos élmény volt. A családban senki nem tesz különbséget testvér és féltestvér között, egyformán szeretik egymást.
Emerson még sosem élvezte annyira azt, hogy kisgyerekei vannak, mint most, harmadik házasságában. Nagyon korán megtapasztalta azt, hogy milyen apának lenni, de ekkor még nem volt elég élettapasztalata. Úgy érzi, megváltozott a felfogása, ma sokkal inkább készen áll az apai feladatokra, mint régen.
A pilóta szerint nem könnyű összehozni ezt a nagy családot, mert a két kisgyermekén kívül mindenki Amerikában lakik, csak brazíliai nyaralásaik alkalmával tudnak találkozni, akkor is csak a család egy részével.