Q1
A 2013-as szezon utolsó királykategóriás időmérője kora délután 14:10-kor vette kezdetét a valenciai aszfaltcsíkon. A kvalifikáció első etapjában az első három szabadedzés összesített eredményei alapján a top10-en kívül záró versenyzők szálltak harcba azért a két pozícióért, amely két motorost alkalmassá tesz arra, hogy a Q2-ben a legjobb tízzel együtt küzdjön a rajtelsőségért. A legjobb esélyekkel Andrea Iannone és Aleix Espargaro várhatta az időmérő kezdetét, azonban nem szabad megfeledkezni a szabadkártyás Michele Pirroról sem. A negyedórás tréninget szokás szerint nem a favoritok, hanem az általában hátsóbb régiókban tanyázó pilóták kezdték a legjobban, úgy mint például Petrucci. öt perccel a leintés előtt azonban továbbra is két olyan versenyző foglalta el az első két helyet, akiket jóval rosszabb pozíciókban szoktunk látni.
Iannone volt a Q1 legjobbja
Az első továbbjutó hely ekkor Barberáé volt, míg a második Cortié. Iannone csak az ötödik legjobb idővel rendelkezett, Aleix Espargaro pedig, aki már korábban elhódította az idei legjobb CRT-s díjat, a harmadik pozícióban tanyázott. Az utolsó másfél percben aztán hirtelen minden megváltozott. Iannone állt az élre Petrucci kíséretében, miközben Yonny Hernandez idő előtt kénytelen volt feladni az edzést bukás miatt. A végén Espargaro még megpróbált egy repülő körrel a top2-be kerülni, de ez végül nem sikerült a spanyolnak. A két továbbjutó helyet tehát Iannone és meglepetésre Petrucci szerezte meg.
Q2
Az időmérő második etapja fél három után öt perccel vette kezdetét, a szabadedzések eredményei alapján pedig Marc Marquez vetette bele magát a legnagyobb eséllyel a pole pozícióért folyó küzdelembe. Az első öt perc után Lorenzo, Crutchlow és Bautista volt a top3 sorrendje, azonban nem sokkal később Marquez már meg is jelent a vb-címvédő mögött a második pozícióban. A bajnoki éllovas alig másfél tizeddel maradt el yamahás ellenfelétől, aki már ekkor megdöntöte Dani Pedrosa 2012-es pole pozíciós rekordját. Az edzés felénél továbbra is Lorenzo állt az élen Marquez kíséretében a top5-ben pedig még Crutchlow, Pedrosa és Rossi kapott helyet.
Marquez a lehető legjobb rajthelyről várhatja a holnapi futamot, azonban Lorenzo ott van a nyomában
A véghajrára az utolsó öt perc kezdetén került sor, amikor is előbb mindenki visszatért a bokszba egy új hátsó abroncsért. A legtöbbet végül Marquez hozta ki repülő köréből és szerezte meg négy tizeddel Lorenzo előtt a pole-t. Az első sorba még Dani Pedrosa fért be a negyedik hely pedig Rossié lett, vagyis színsort alkotva a gyári Yamaha és a gyári Honda kettőse töltötte fel az első négy pozíciót.
| A Q1 végeredménye: | ||
| 1. Andrea IANNONE | DUCATI | 1:32.740 |
| 2. Danilo PETRUCCI | IODA-SUTER | 1:32.765 |
| 3. Hector BARBERA | FTR | 1:32.773 |
| 4. Aleix ESPARGARO | ART | 1:32.807 |
| 5. Claudio CORTI | FTR KAWASAKI | 1:32.961 |
| 6. Yonny HERNANDEZ | DUCATI | 1:32.966 |
| 7. Michele PIRRO | DUCATI | 1:32.966 |
| 8. Colin EDWARDS | FTR KAWASAKI | 1:33.203 |
| 9. Hiroshi AOYAMA | FTR | 1:33.328 |
| 10. Randy DE PUNIET | ART | 1:33.869 |
| 11. Michael LAVERTY | ART | 1:34.018 |
| 12. Luca SCASSA | ART | 1:34.113 |
| 13. Bryan STARING | FTR HONDA | 1:34.805 |
| 14. Damian CUDLIN | PBM | 1:34.903 |
| 15. Lukas PESEK | IODA-SUTER | 1:34.993 |
| 16. Martin BAUER | SUTER | 1:35.277 |
| A Q2 végeredménye: | ||
| 1. Marc MARQUEZ | HONDA | 1:30.237 |
| 2. Jorge LORENZO | YAMAHA | 1:30.577 |
| 3. Dani PEDROSA | HONDA | 1:30.663 |
| 4. Valentino ROSSI | YAMAHA | 1:30.920 |
| 5. Cal CRUTCHLOW | YAMAHA | 1:31.113 |
| 6. Bradley SMITH | YAMAHA | 1:31.201 |
| 7. Alvaro BAUTISTA | HONDA | 1:31.594 |
| 8. Stefan BRADL | HONDA | 1:31.638 |
| 9. Andrea DOVIZIOSO | DUCATI | 1:31.718 |
| 10. Nicky HAYDEN | DUCATI | 1:31.870 |
| 11. Andrea IANNONE | DUCATI | 1:31.963 |
| 12. Danilo PETRUCCI | IODA-SUTER | 1:33.116 |
| A végleges rajtsorrend: | ||
| 1. Marc MARQUEZ | HONDA | 1:30.237 |
| 2. Jorge LORENZO | YAMAHA | 1:30.577 |
| 3. Dani PEDROSA | HONDA | 1:30.663 |
| 4. Valentino ROSSI | YAMAHA | 1:30.920 |
| 5. Cal CRUTCHLOW | YAMAHA | 1:31.113 |
| 6. Bradley SMITH | YAMAHA | 1:31.201 |
| 7. Alvaro BAUTISTA | HONDA | 1:31.594 |
| 8. Stefan BRADL | HONDA | 1:31.638 |
| 9. Andrea DOVIZIOSO | DUCATI | 1:31.718 |
| 10. Nicky HAYDEN | DUCATI | 1:31.870 |
| 11. Andrea IANNONE | DUCATI | 1:31.963 |
| 12. Danilo PETRUCCI | IODA-SUTER | 1:33.116 |
| 13. Hector BARBERA | FTR | 1:32.773 |
| 14. Aleix ESPARGARO | ART | 1:32.807 |
| 15. Claudio CORTI | FTR KAWASAKI | 1:32.961 |
| 16. Yonny HERNANDEZ | DUCATI | 1:32.966 |
| 17. Michele PIRRO | DUCATI | 1:32.966 |
| 18. Colin EDWARDS | FTR KAWASAKI | 1:33.203 |
| 19. Hiroshi AOYAMA | FTR | 1:33.328 |
| 20. Randy DE PUNIET | ART | 1:33.869 |
| 21. Michael LAVERTY | ART | 1:34.018 |
| 22. Luca SCASSA | ART | 1:34.113 |
| 23. Bryan STARING | FTR HONDA | 1:34.805 |
| 24. Damian CUDLIN | PBM | 1:34.903 |
| 25. Lukas PESEK | IODA-SUTER | 1:34.993 |
| 26. Martin BAUER | SUTER | 1:35.277 |