A királykategória kvalifikációja magyar idő szerint reggel hét előtt tíz perccel vette kezdetét egy új programterv szerint. Mivel a pénteki programokat teljes egészében törölték, ezért a szervezők igen rendhagyó módon egy több mint egy órás (egészen pontosan 75 perces) időmérőt írtak ki a MotoGP-ben. A kvalifikációt ezúttal nem bontották két etapra, hanem a mondhatni régi hagyományoknak megfelelően az összes versenyző egy edzés keretein belül gurult pályára és döntötte el a rajthelyek sorsát. A tréning mindössze tizenhárom fokos, borult, esős időben vette kezdetét, vagyis mindenki kivétel nélkül esőgumikkal kezdte meg a körözést a japán aszfaltcsíkon. Az edzést Valentino Rossi indította a legjobban, azonban ahogyan egy-egy esős gyakorláson, vagy versenyen lenni szokott, hamar változott a sorrend és elég nagy szórás alakult ki az időeredmények között, hiszen az első és az utolsó között több mint tizenegy másodperces differencia alakult ki.
Az első fél órát követően már Marc Marquez állt az élen, akivel igazából csak Nicky Hayden és Alvaro Bautista tudta tartani a tempót, két tized másodpercen belül. A negyedik pozícióban a Yamaha tesztversenyzője, Katsuyuki Nagasuka következett, aki a 2012-es évadzáró, valenciai futamon egy igen emlékezetes második helyet szerzett. A top5-ben még a "Doktor" kapott helyet, azonban ő Nakasugához hasonlóan szintén több mint egy másodperccel volt elmaradva Marqueztől. A Le Mans-ban, esős körülmények között remeklő Andrea Dovizioso ezúttal viszont egyelőre csak a tizenkettedik helyen szerénykedett, közel négy másodperces hátrányban. Ez abból a szempontból volt kissé érthetetlen, hogy a Ducati japán nagydíj előtt kiadott előzetesében az olasz motoros kimondottan pozitív előjelekkel várta a hétvégét, míg remeklő csapattársa, Nicky Hayden, épp az ellenkezőjére, vagyis a lehető legnehezebb helyzetre számított, mondván, hogy nem fekszik neki Motegi.
Az időmérő felénél Dani Pedrosa vette át a vezetést Jorge Lorrenzo kíséretében, miközben a negyedik helyre Valentino Rossi zárkózott fel, vagyis az első négy pozíciót a két gyári hondás és a két gyári yamahás foglalta el. Néhány perccel később Rossi már a második volt, harminc perccel pedig a leintés előtt Nicky Hayden futott első helyet érő időt, kisebb meglepetést okozva ezzel. A nagy igyekezetében az amerikai meg is látogatta a sóderágyat a következő körében, de szerencséjére nem egy bukás formájában, hiszen csak a célegyenes végi féktávot mérte el, ami miatt kénytelen volt motorját kiengedni a bukótérbe. Az ezt követő percekben nem sok, gyakorlatilag semmilyen változás sem történt az élmezőnyben, annyit leszámítva, hogy Bautista eggyel hátrébb szorította Lorenzót és így feljött a harmadik helyre. Az utolsó húsz perc kezdetén aztán Pedrosa visszavette az első helyet, de a spanyol csak két tizeddel tudott gyorsabb lenni Haydentől, aki időközben javított és közel fél másodperccel állt Rossi előtt.
Az utolsó negyed órában kezdetét vette a véghajrá, vagyis a kvalifikáció érdemi része, amely során ténylegesen eldöntésre került, hogy a holnapi futamot ki melyik rajtpozícióból kezdi majd meg. Valentino Rossi idő előtt kiesni látszott a pole-ért folyó küzdelemből, hiszen egyrészről a hatodik helyig esett vissza a "Doktor", másrészről több mint egy másodperces hátrányba került. A tabella élére Lorenzo neve került, őt pedig egyedül Hayden tudta megközelíteni fél másodpercre. (A másik ducatis, Andrea Dovizioso, változatlanul a top10-en kívül szerénykedett.) Lorenzo végül is igen magabiztosan szerezte meg a rajtelőséget Marc Marquez és Nicky Hayden előtt. A második sorban Pedrosa, Rossi és Dovizioso zárt, akinek végül is sikerült feljebb kapaszkodnia.
