Fangio néhány nap híján 20 esztendővel ezelőtt, 84 évesen hunyt el, azóta pedig szülővárosában, az Argentína keleti részében található Balcarce temetőjében nyugszik. A Formula-1 történetének első nagy legendája élete során sohasem nősült meg, és a hivatalos álláspont szerint gyerekei sem születtek. Az 1980-as és ’90-es években a Formula-3000-ben és a CART-ban versenyzett ugyan II. Juan Manuel Fangio, ő azonban nem a fia, hanem az unokaöccse volt a nagy bajnoknak.
2013-ban azonban előkerült egy férfi, Oscar Cesar Espinoza, aki azt állította, hogy ő nem más, mint az ötszörös világbajnok Fangio fia. Espinoza anyja ugyanis igazoltan az az Andrea Berruet, akivel közismerten Fangio hosszú éveken át kapcsolatban élt.
A Motorsport.com értesülései szerint a bíróság elfogadta az állítólagos fiú kérelmét, és elrendelte, hogy augusztus 7-én exhumálják a 104 évvel ezelőtt született sportoló testét, amit a szomszédos Mar del Platába szállítanak, hogy ott DNS-mintát vegyenek tőle az apasági teszthez.
Fangio 1951-ben, majd 1954 és 1957 között minden évben a Formula-1 legjobbja lett, így ötszörös bajnokként vonult vissza, és a sport legsikeresebb alakjának számított mindaddig, amíg 2003-ban Michael Schumacher be nem húzta hatodik bajnoki címét.