A #17-es Porsche pilótái közül előbb Bernhard lépett pályára, és 1:22,888-as idejével már ő is az élre állt, ám őt követően Webber még gyorsabb tudott lenni 1:22,639-et futva, így tovább javítva az átlagukat.
A legközelebb hozzájuk a #18-as Porsche tudott kerülni Romain Dumas és Marc Lieb révén, akik hajszállal ugyan, de le tudták győzni Andre Lottererék Audiját a második helyért. Az LMP1-es mezőny erősorrendje a vártak szerint alakult, hiszen a di Grassi-féle Audié lett a negyedik pozíció, a két Toyota pedig tisztes távolságból bérelte ki a harmadik sort a Rebellionok előtt.
Az LMP2-esek között Julien Canal és Sam Bird szerezte meg a pole-t a G-Drive Ligier-Nissanjában. A GTE Pro kategóriában Davide Rigon és James Calado először lettek a leggyorsabbak az AF Corse Ferrarival, míg a GTE Am mezőnyében Gianluca Roda és Paolo Ruberti aratták le a babérokat.
A Fuji 6 órás verseny közép-európai idő szerint vasárnap hajnali 4-kor rajtol el.
Az időmérő végeredménye:
| 1 | LMP1 | T.Bernhard, M.Webber, B.Hartley | Porsche | 1:22.763 | - |
| 2 | LMP1 | R.Dumas, N.Jani, M.Lieb | Porsche | 1:23.071 | 0.308 |
| 3 | LMP1 | M.Fassler, A.Lotterer, B.Treluyer | Audi | 1:23.082 | 0.319 |
| 4 | LMP1 | L.di Grassi, L.Duval, O.Jarvis | Audi | 1:23.245 | 0.482 |
| 5 | LMP1 | A.Davidson, S.Buemi, K.Nakajima | Toyota | 1:25.072 | 2.309 |
| 6 | LMP1 | A.Wurz, S.Sarrazin, M.Conway | Toyota | 1:25.327 | 2.564 |
| 7 | LMP1 | A.Imperatori, D.Kraihamer, D.Abt | Rebellion-AER | 1:28.492 | 5.729 |
| 8 | LMP1 | N.Prost, M.Beche | Rebellion-AER | 1:28.641 | 5.878 |
| 9 | LMP1 | S.Trummer, P.Kaffer | CLM-AER | 1:30.740 | 7.977 |
| 10 | LMP2 | R.Rusinov, J.Canal, S.Bird | Ligier-Nissan | 1:31.529 | 8.766 |
| 11 | LMP2 | G.Yacaman, L.Derani, R.Gonzalez | Ligier-Nissan | 1:31.750 | 8.987 |
| 12 | LMP2 | P.Ragues, O.Webb, C.Cumming | Morgan-SARD | 1:32.163 | 9.400 |
| 13 | LMP2 | M.Howson, R.Bradley, N.Tandy | ORECA-Nissan | 1:32.275 | 9.512 |
| 14 | LMP2 | N.Panciatici, P-L.Chatin, V.Capillaire | Alpine-Nissan | 1:32.483 | 9.720 |
| 15 | LMP2 | S.Sharp, R.Dalziel, D.Hansson | Ligier-HPD | 1:32.558 | 9.795 |
| 16 | LMP2 | N.Leventis, D.Watts, J.Kane | Gibson-Nissan | 1:33.490 | 10.727 |
| 17 | LMP2 | E.Brown, J.van Overbeek, J.Fogarty | Ligier-HPD | 1:34.892 | 12.129 |
| 18 | GTE Pro | D.Rigon, J.Calado | Ferrari | 1:38.295 | 15.532 |
| 19 | GTE Pro | G.Bruni, T.Vilander | Ferrari | 1:38.403 | 15.640 |
| 20 | GTE Pro | A.MacDowall, F.Rees, S.Mucke | Aston Martin | 1:38.540 | 15.777 |
| 21 | GTE Pro | R.Lietz, M.Christensen | Porsche | 1:38.751 | 15.988 |
| 22 | GTE Pro | P.Pilet, F.Makowiecki | Porsche | 1:38.864 | 16.101 |
| 23 | GTE Pro | D.Turner, J.Adam | Aston Martin | 1:38.979 | 16.216 |
| 24 | GTE Pro | C.Nygaard, M.Sorensen | Aston Martin | 1:39.028 | 16.265 |
| 25 | GTE Am | G.Roda, P.Ruberti, N.Sylvest | Chevrolet | 1:39.901 | 17.138 |
| 26 | GTE Am | V.Shaitar, A.Bertolini, A.Basov | Ferrari | 1:40.128 | 17.365 |
| 27 | GTE Am | P.D.Lana, P.Lamy, M.Lauda | Aston Martin | 1:40.442 | 17.679 |
| 28 | GTE Am | F.Perrodo, E.Collard, R.Aguas | Ferrari | 1:40.516 | 17.753 |
| 29 | GTE Am | P.Dempsey, P.Long, M.Seefried | Porsche | 1:41.055 | 18.292 |
| 30 | GTE Am | F.Castellacci, L.Griffin, S.Hall | Aston Martin | 1:41.181 | 18.418 |
| 31 | GTE Am | C.Ried, K.Al Qubaisi, E.Bamber | Porsche | 1:48.415 | 25.652 |
